三代组装软件canu学习笔记
三代组装软件canu学习笔记
(2017-08-07 14:17:43)
转载▼
分类: 三代 |
1:这个组装软件起源于PBcR包含在Celera Assembler中(http://wgs-assembler.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page),该软件最新版本是8.3之后便不在更新。现在被canu取代。
2:canu(http://canu.readthedocs.io/en/latest/index.html)
参加文献:Koren S, Walenz B P, Berlin K, et al. Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation[J]. Genome research, 2017, 27(5): 722-736.
3:目前版本1.5
4:几个重要的参数说明:
minReadLength 用于组装的最短reads,默认1000
corOutCoverage 用于矫正的数据最小coverage,默认是40x,但实际上的数据在30X-35X之间你可以自己设置为50,60,100,当设置为1000,可以用于组装出数据中质粒,一般该参数用于宏基因组组装
contigFilter="2 1000 0.75 0.75 2"关于contig的过滤
- has fewer than minReads (2) reads, or(这个值可以设置为5)
- is shorter than minLength (1000), or
- has a single read spanning singleReadSpan percent (75%) of the contig, or
- has less than lowCovDepth (2) coverage over at least lowCovSpan fraction (0.75) of the contig
对于低覆盖数据correctedErrorRate=0.075(4.5%-7.5%或者更多)也可以大于1%
对于高覆盖度数据correctedErrorRate=0.040(4.0%-4.5%),默认The default is 0.045 for PacBio reads,也可以小于1%
如果是AT(GC)富集的样本,建议设置corMaxEvidenceErate=0.15
三代组装软件canu学习笔记相关推荐
- 三代组装软件Canu使用
Canu简介 Canu是Celera的继任者,能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果. Canu分为三个步骤,纠错,修整和组装,每一步都差不多是如下几个步骤: 加载read到r ...
- Canu|三代组装软件
Canu Canu是基于OLC算法,具有长reads的自纠错和组装功能,是应用最为广泛的三代组装软件(速度相对较慢). Canu相关使用方法来啦!!! 一.Canu的安装 方法一:conda安装 co ...
- 【软考中级】软件设计师学习笔记
软件设计师学习笔记 计算机系统知识 程序语言设计 数据结构 操作系统 软件工程基础知识 结构化开发方法 创建型设计模式 行为型设计模式 结构型设计模式: 算法设计与分析 数据库技术基础 网络与信息安全 ...
- 软件调试学习笔记(七)—— 单步步入单步步过
软件调试学习笔记(七)-- 单步步入&单步步过 单步步入 设置单步异常 处理单步异常 实验1:单步异常的设置与处理 单步步过 实现思路 实验2:实现单步步过 单步步入 描述: 单步步入的实现依 ...
- 软件调试学习笔记(六)—— 硬件断点
软件调试学习笔记(六)-- 硬件断点 硬件断点 设置硬件断点 触发硬件断点 处理硬件断点 实验:硬件断点的设置与处理 硬件断点 描述: 与软件断点与内存断点不同,硬件断点不依赖被调试程序,而是依赖于C ...
- 软件调试学习笔记(五)—— 软件断点内存断点
软件调试学习笔记(五)-- 软件断点&内存断点 调试的本质 软件断点 软件断点的执行流程 分析INT 3执行流程 实验:处理软件断点 内存断点 内存断点的执行流程 实验:处理内存断点 调试的本 ...
- 软件调试学习笔记(四)—— 异常的处理流程
软件调试学习笔记(四)-- 异常的处理流程 要点回顾 异常的处理流程 实验1:理解调试器与异常的关系 未处理异常:最后一道防线 实验2:理解UnhandledExceptionFilter执行流程 实 ...
- 软件调试学习笔记(三)—— 调试事件的处理
软件调试学习笔记(三)-- 调试事件的处理 要点回顾 调试事件的处理 实验一:实现简单调试器(创建进程) 实验二:分析异常来源 实验三:实现简单调试器(附加进程) 实验四:分析NtDebugActiv ...
- 软件调试学习笔记(二)—— 调试事件的采集
软件调试学习笔记(二)-- 调试事件的采集 要点回顾 调试事件的种类 调试事件采集函数 例:分析PspUserThreadStartup 例:分析PspExitThread 总结 要点回顾 调试器与被 ...
最新文章
- 了解 NoSQL 的必读资料
- layui table 弹出层刷新_layui 关闭open弹出框 刷新table表格页面的方法
- 个性化推荐系统(一)---今日头条等的内容划分、分类
- WCF与现行分布式通讯技术性能对比
- Java中通过JDBC操作MySQL数据库
- mysql grant show_mysql之基础操作grant、show、repair、log_error等
- 谷爱凌的父亲不是谷歌5号员工,但母亲一家都是高学历的运动健将
- springMvc的一些简介 和基于xml的handlerMapping基本流程
- TopicDeletionManager分析
- Linux学习总结(32)——Shell脚本高效编写技巧
- Linux内核中流量控制(12)
- python周报第十九周
- 地图分幅编号C 语言编程,地图分幅与编号
- 配置Json-Server
- NetInside可观测分析平台上线了
- 一般的度量空间上开集的构造
- 人工智能学习路线(适合新手)
- 对指针变量取地址意义
- 全球与中国1,6-己二醇二甲基丙烯酸酯(HDDMA)市场深度研究分析报告
- 2022企业人效管理白皮书