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培训、会议、征稿、招聘

• 5月11-13日，北京，中国肠道大会

• 5月19-20日，北京，数学、计算机和生物青年学者论坛 (大牛云集免注册费且管饭)

• 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募

• 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

科研经验

• 如何优雅的提问

• 公众号搜索方法大全

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical

• 生信编程模板 Perl  Shell  R

• 生物信息之程序学习

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Endnote X8云同步：有网随时读文献

• 论文Figures，你不能不知道的秘密

• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

软件和数据库使用

• VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！

• SILVAngs:16S/18S在线分析1  2

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows

• 微生物组间差异分析神器-STAMP

• 扩增子分析神器USEARCH

• 微生物扩增子数据库大全

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet

• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

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• 开启win10内置Linux子程序

宏基因组分析专题

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast

• 4基因注释Prokka

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

• MetaPhlAn2分析有参宏基因组

R统计绘图

R语言基础系列：

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

ggplot2绘图基础系列：

• 1初识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象

• 2图层的使用——基础、怎样加标签、注释

• 3工具箱——误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

高级统计绘图：

• R画月亮阴晴圆缺：corrplot绘图相关系数矩阵

• 视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形

• R语言交互式可视化包CanvasXpress

• R语言聚类分析—cluster, factoextra

• R相关矩阵可视化包ggcorrplot

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

• ggrepel-解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品

• R语言添加p-value和显著性标记

• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve

• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化

• ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列

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• 用db-RDA进行微生物环境因子分析-ggvegan介绍

• 五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树

实验设计与技术

• 微生物样本取样及微生物基因组DNA提取建议

• 样品生物学重复数据选择 1必要性  2需要多少重复？

• 样品命名 注意事项 实例

• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择?

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

• 怎么取粪便样品

• Rhizosphere、Rhizoplane根际土如何取

• NB：扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

• Microbiome: 室温存储样本宏基因组学研究

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组

• Microbiota, metagenome, microbiome区别

• 16S测序，不知道OTU你就out了！

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较

• 计量宏基因组学数据分析的方法及进展

• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• LEfSe分析，你真的懂了么

• 宏基因组基础知识梳理

• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结

• 环境因子关联分析—CCA还是RDA

• P值背后那些事儿

• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理

• 轻松看懂机器学习十大常用算法

• 一文读懂随机森林在微生态中的应用

• 你想知道的ROC曲线

• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

必读综述

• Nature Reviews：给医生的菌群分析指南

• Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

• Nature：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人

• Nature: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

• Cell：代谢控制中的脑肠轴

• Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？

• 研究微生物，只靠多组学根本不够

• 中国微生物组计划—农作物微生物组

• Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望

• Annual Reviews|微生物组与人

• 微生物组学与植物病害微生物防治

• 组学重建真菌现有分类系统

• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

高分文章套路解读

• Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

• Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性

• Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

• Nat Biotech: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌

• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成

• Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象

• Nature Method: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组

• Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？

• NC：降低微生物群落复杂度突破组装难题

• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联

• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节

• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法

• Microbiome: 简单套路发高分文章—杨树微生物组

• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压

• Microbiome：重新定义“卫生”概念

• Nature Medicine:菌群与疾病的关系：先有鸡还是先有蛋

科普视频-寓教于乐

• BBC人体奥秘之细胞的暗战

• BBC人体奥秘 Inside.the.Human.Body

• NG人体内旅行Inside.the.Living.Body

• NG子宫日记 Womb

• NHK: 再造人类生命的神奇细胞

• CCTV9让尸体说话-法医密档

• 一顿“寄生虫大餐”，或能治好干净引来的免疫病

• 致命病毒为何疯狂袭击人类？都怪我们那群会飞的远房亲戚

• 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难

• 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！

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写在后面

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