Linux(CentOS 7)(64位)系统下安装Pymol(1.8.6)
PyMOL简介
PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件,其中“Py”是指此软件使用Python语言编写,“MOL”是指Molecule。
PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/,发展历史和软件更新动态可在此查询。
PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page,若想用好PyMOL,此网站是必上网站,其实这一个也就够了。
硬件环境
CentOS 7(64位)系统中安装Pymol1.8.6
安装依赖包
yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel
安装过程遇到错误,发现是缺少下面的依赖yum install msgpack-devel
获取安装包
cd /download
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
cd pymol
编译安装
建立一个脚本文件,把下面的代码放进去,把脚本文件放入pymol文件夹,运行该脚本。
#!/bin/bash -eprefix=/opt/pymol-svn
modules=$prefix/modules# If you want to install as root, then split this line up in "build"
# and "install" and run the "install" with "sudo"
python2.7 setup.py build install \--home=$prefix \--install-lib=$modules \--install-scripts=$prefix
进入 opt/pymol-svn/pymol文件夹
/opt/pymol-svn/pymol
运行下面的命令,创建连接,命令端输入pymol运行。
sudo ln -s /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol
Pymol运行效果展示
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