R语言：数据筛选match

2024-06-05 16:46:40

数据筛选是在分析中最常用的步骤，如微生物组分析中，你的OTU表、实验设计、物种注释之间都要不断筛选，来进行数据对齐，或局部分析。

今天来详解一下此函数的用法。

match

match：匹配两个向量，返回x中存在的返回索引或TRUE、FALSE

match函数使用格式有如下两种:

第一种方便设置参数，返回x中元素在table中的位置

match(x, table, nomatch = NA_integer_, incomparables = NULL)

第二种简洁，返回x中每个元素在table中是否存在

x %in% table

参数详解

x: 向量, 要匹配的值;
table: 向量, 被匹配的值;
nomatch: 没匹配上的返回值, 必须是整数;
incomparables: 指定不能用来匹配的值.

match函数是一个完全匹配函数, 当两个元素类型不一样时, 如果进行类型转换后匹配得上的话, 则仍可匹配, 可看下例.

匹配上且返回位置

match(c(1, "TRUE"), c(T, 0, "1"))

返回3 1，即1位于表中的3号位，TRUE位于1号位，且T和TRUE可匹配成功

c(1, "TRUE", F) %in% c(T, 0, "1")

返回TRUE TRUE FALSE，表示每个元素在table中是否存在

pmatch

pmatch函数是一个部分匹配函数, 依次从x里面挑出元素, 对照table进行匹配, 若匹配上则剔除匹配上的值, 不再参与下次匹配, duplicate.ok可设置是否剔除; 对于某一个元素, 匹配一共分成三步:

如果可以完全匹配, 则认为匹配上了, 返回table中的位置;
不满足上述条件, 如果是唯一部分匹配, 则返回table中的位置;
不满足上述条件, 则认为没有值与其匹配上.

pmatch函数的格式

pmatch(x, table, nomatch = NA_integer_, duplicates.ok = FALSE)

x: 向量, 要匹配的值;
table: 向量, 被匹配的值;
nomatch: 没匹配上的返回值, 必须是整数;
duplicates.ok: table里面的元素是否可以适用多次.

默认不允许重复使用table中元素，返回位置1 2 3

pmatch(rep(1, 3), rep(1, 5))

允许重复，返回位置1 1 1

pmatch(rep(1, 3), rep(1, 5), duplicates.ok = TRUE)

猜你喜欢

10000+: 菌群分析
宝宝与猫狗提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊肠道指挥大脑
系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组宏基因组
专业技能：生信宝典学术图表高分文章不可或缺的人
一文读懂：宏基因组寄生虫益处进化树
必备技能：提问搜索 Endnote
文献阅读热心肠 SemanticScholar Geenmedical
扩增子分析：图表解读分析流程统计绘图
16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
在线工具：16S预测培养基生信绘图
科研经验：云笔记云协作公众号
编程模板: Shell R Perl
生物科普: 肠道细菌人体上的生命生命大跃进细胞暗战人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2600+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA

R语言：数据筛选match相关推荐

R语言数据对象与运算
R语言数据对象与运算笔记整理 2.1 数据对象及类型 R语言创建和控制的实体被称为对象(object) ls()命令来查看当前系统里的数据对象 R对象的名称必须以一个英文字母打头,并由一串大小写字母 ...
【组队学习】【28期】R语言数据科学
R语言数据科学论坛版块: http://datawhale.club/c/team-learning/36-category/36 开源内容: https://github.com/datawhal ...
推荐：一本“高颜值”的R语言数据可视化图书(包邮送3本)
文章留言点赞前3名的朋友,每人送1本<R语言数据化可视化之美增强版>,名单揭晓日期为:本周日 (2020年7月12日晚7点).到时,获奖的朋友可以直接添加微信:meta-genomics, ...
半折预售：新书-R语言数据可视化之美|ggplot2作者推荐
我本来想等正式发售的时候,再告诉大家我的新书<R语言数据可视化之美>已经出版,奈何新书还太贵,这几天刚好京东有买100减50的活动,所以想想还是赶紧告诉大家吧,不然平时购买的话,太真有点小 ...
R语言数据包自带数据集之ISwR包的melanom数据集字段解释、数据导入实战
R语言数据包自带数据集之ISwR包的melanom数据集字段解释.数据导入实战目录 R语言数据包自带数据集之ISwR包的melanom数据集字段解释.数据导入实战 #数据字段说明 #导入包 #导入数 ...
R语言数据包自带数据集之survival包的colon数据集字段解释、数据导入实战
R语言数据包自带数据集之survival包的colon数据集字段解释.数据导入实战 #数据字段说明 colon数据集:B/C期结肠癌辅助化疗治疗数据 d # 患者编号 study # 所有患者都是1 ...
R语言数据包自带数据集之survival包的lung数据集字段解释、数据导入实战
R语言数据包自带数据集之survival包的lung数据集字段解释.数据导入实战目录 R语言数据包自带数据集之survival包的lung数据集字段解释.数据导入实战 #数据字段说明 #导入包 #导 ...
R语言数据包自带数据集之ToothGrowth数据集字段解释、数据导入实战
R语言数据包自带数据集之ToothGrowth数据集字段解释.数据导入实战目录 R语言数据包自带数据集之ToothGrowth数据集字段解释.数据导入实战 #数据字段说明 #导入包 #导入数据 #数 ...
R语言数据包自带数据集之mtcars数据集字段解释、数据导入实战
R语言数据包自带数据集之mtcars数据集字段解释.数据导入实战目录 R语言数据包自带数据集之mtcars数据集字段解释.数据导入实战 #会用帮助?或者help函数 #字段说明 #导入包 #导入数据 ...
R语言数据描述性统计（Descriptive statistics）实战：数据全局描述信息、数值数据的描述性统计（Numerical data）、离散型数据的描述性统计（Categorical）
R语言数据描述性统计(Descriptive statistics)实战:数据全局描述信息.数值数据的描述性统计(Numerical data).离散型数据的描述性统计(Categorical) 目录

最新文章

热门文章