此文中软件操作gif动画公众号有时会跳帧等显示问题，可以点击文末阅读原文查看清晰版。

QIIME

http://qiime.org/
QIIME 就定量微生物生态(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)的缩写，读音同chime [tʃaɪm]。
QIIME分析流程；2010发表在Nature Method上，目前被引12809次，是目前最主流的扩增子分析流程，虽然已经于今年停止维护，但积累用脚本和用户群，还会在将来很长一段时间内使用并引用它(这让我想起了WinXP和Win7，虽然久不更新但用户众多)，目前己发布QIIME2推荐新人直接上手，但QIIME功能之强大，连我现在也经常会用到它的脚本。

QIIME的安装

QIIME的安装常见有3种方式：

1. Linux服务器安装：首先得有台Linux服务器，官方推荐方法看似很简单，但由于LINUX版本及非常个性化的环境，而QIIME又依赖了上百个包和软件，每次都会遇到各种问题，有经验的人一般都想哭。2016年6月在centos和ubuntu上都安装成功了，每个安装都超过3天。还好目前推出了Conda安装，一句话搞定，使用详见官网或《Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼》

2. Qiime docker预安装下载：也需要有服务器，还需要管理员将用户添加docker组，但安装使用非常方便，就相当于下载和运行一个程序。推荐下载yoshikiv/basespace-qiime-191-dev这个镜像；

3. 无服务器的Windows和Mac用户，可以下载虚拟机直接运行，本文重点讲解些方法。

1. 虚拟机及相关软件下载

VirtualBox最新版软件下载页：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads ，根据操作系统选择对应版本，本文只讲Windows10系统下的操作;
下载如下两个文件：这是我安装的版本，推荐大家到官网下载最新版。
VirutalBox 5.2.22 软件下载 https://download.virtualbox.org/virtualbox/5.2.22/VirtualBox-5.2.22-126460-Win.exe

QIIME 1.9.1 64-bit虚拟机下载 ftp://ftp.microbio.me/pub/qiime-release-VMs/QIIME-1.9.1-amd64.vdi.gz

2. 安装虚拟机

双击执行VirtualBox-5.2.22-126460-Win.exe文件，按提示下一步，全用默认选项即可，直至安装完成；

3. 加载QIIME虚拟机

下载的虚拟机压缩包有4G多，需要先解压缩才能使用，解压后有14G左右，请确保解压位置有足够空间。
按下图动画顺序配置和启动QIIME虚拟机：启动virtualbox程序 - 新建 - 名称输入”ubuntu” - 下一步 - 内存修改为4096 - 下一步 - 添加现在磁盘 - 选择QIIME-1.9.1-amd64.vdi文件 - 创建 - 启动

“此处操作动画有问题，请阅读原文”

4. 安装增强功能

在启动的QIIME虚拟机中，点设备菜单 - 安装增强功能 - 弹出菜单选择Run - 要求输入密码为”qiime” - 等待出现“Press Reture to close this window”，按回车关闭窗口即安装成功

5. 挂载外部目录

我们只有加载外部目录，才能用QIIME读取并分析数据；
点击右上角电源(齿轮形)按钮，选择“shut down”，弹出菜单再点”shut down”关闭虚拟机；
在Virutalbox主界面中：点击“设置” - 共享文件夹 - 点+号(添加共享文件夹) - 选择共享目录”QIIME”(可为任意名称，后面命令中与此一致名称及大小写一致)，勾选自动挂载 - OK - OK - 启动

打开终端 - 输入下面代码即可进入外面目录工作，# 号行为注释信息。  注意Linux中输入密码时无任何显示，是为了防止泄露密码位数，不要以为没有输入，输完回车即可。

# 切换至管理员，输入密码qiime
sudo su
# 进入工作目录，注意下面的QIIME要与外部文件夹名大小写完全一致
cd /media/sf_QIIME
# 查看当前目录文件详细信息，可在外部挂载目录先新建个文件，是否看到文件来判断是否挂载成功
ll

以后的分析工作可以此目录中运行。

6. 如挂载目录失败处理

可在终端中运行下面两条命令修复后，再重复上面的操作即可。

# 要求输入密码吗，输入“qiime”
sudo apt-get update
sudo apt-get install virtualbox-guest-utils

Reference

1. http://qiime.org/

2. Caporaso, J. G., et al. (2010). “QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.” Nat Methods 7(5): 335-336.

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2400+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”