FungalTraits: 超越FUNGuild的最新真菌表型数据库

Link:

https://link.springer.com/article/10.1007/s13225-020-00466-2

Journal: Fungal Diversity

基于FUNGuild和Fun^Fun等前人的研究成果，此研究开发了一个用户友好的特性数据库FungalTraits，可在属和假设种水平上运行。

FungalTraits分别重新注释了真菌10,210个属和Stramenopila 151个属，涵盖17种特征生活方式。

为了将特征状态分配到真菌物种中，对697,413个真菌的ITS序列进行了手动分类和分配。在1%差异阈值条件下，可以得出92,623种真菌的特征和宿主信息。

已有的一些特征数据库：

FUNGuild (Tedersoo et al. 2014; Nguyen et al.2016)：第一个将类群与生活方式联系起来的泛真菌数据库, 主要基于属和科水平信息；

FacesOfFungi (Jayasiri et al. 2015)：主要子囊菌门的物种和属的描述；

Notes on genera: Ascomycota (Guerreiro et al. 2018)：子囊菌专用数据库，包括生境、底物、总生物相互作用和营养模式；

Fun^Fun (Zanne et al. 2020)：包含了FUNGuild中的大部分数据，并补充了物种和属水平上的细胞、生态和生化特征信息；

DEEMY (Rambold and Agerer 1997)：外生菌根功能特征数据库；

LIAS (Triebelet al. 2007)：地衣的形态和化学特征数据库；

(Mayor et al. 2009): 子实体C、N同位素含量数据库；

(Weete et al. 2010): 真菌植物固醇数据库。

FungalTraits：

主要包括：

“primary_lifestyle”，“secondary_lifestyle”，“plant_pathogenic_capacity”, “endophytic_interaction_capacity”，“animal_biotrophic_capacity”和“decay_substrate”几大类。

最常见的生活方式在“primary_lifestyle”中给出。

“secondary_lifestyle”给出了一种或多种额外的生活方式。

“comment_on_lifestyle”也允许指定额外的生活方式，只发生在一个或几个物种中，有时指一个特定的物种。

对于完全或部分(兼性)腐生性营养类群，生成了“decay_ substrate”和“decay_type”，后者表示经典的腐烂类别，如白腐真菌。

“plant_pathogenic_capacity”表明植物病原体是否发生在这一组中，以及哪些植物组(如被子植物、藻类、苔藓和地苔)或器官(叶、果实、种子、根等)被感染。

“endophytic_interaction_capacity”表明该属的成员是否能够作为内生菌生长。

“animal_biotrophic_capacity”描述了与动物(节肢动物、珊瑚、鱼类、无脊椎动物、脊椎动物、白蚁和人类)的各种互惠和拮抗相互作用。

与其他功能数据库相比，FungalTraits还引入了“aquatic_habitat”特性。允许将真菌分类为海洋、淡水、更广泛的水生或部分水生生物，因为许多水生物种通常是从根系和土壤中记录的。作者发现这一领域对水生研究非常重要，因为可能有必要将陆生真菌的偶然孢子与自然生长在水中或基质上的类群区分开来。

此外还有“fruitbody_type”和“hymenium_type”。“fruitbody_type”几乎涵盖了子囊菌门、担子菌门和早期分化谱系中所有典型的有性生殖结构类型。“Hymenium_type”表示子实层的形态。传统上，许多分类学家和真菌生态学家将他们的研究对象划分为子实体类型(例如:多孔、类皮质激素、木耳、松露、盘状真菌)，尽管子实体和子实层类型通常与其他功能不完全相关。

扩展了“growth_form”领域， 15个特征状态涵盖变形虫、丝状、菌体和各种与真菌和Stramenopiles相关的单细胞形态。

特别扩展了EcM真菌和地衣的性状信息。对于EcM真菌，引入了进化特征“ectomycorrhiza_lineage”和“ectomycorrhiza_exploration_type”。进化类型由根外菌丝体和根状体的发育、形成和分化来定义，根状体和根状体与EcM真菌的营养获取策略有关。

对于地衣，收集了文献中关于初级和次级共生光合生物的具体信息(如初级光生物和次级光生物)。对于非地衣化的分类单元，包含了“specific_hosts”类型，以容纳与某些分类单元已知的独家关联的信息。

17种生活方式

FungalTraits基本情况：

最重要的，数据库地址：

可从UNITE 页面下载 (https://unite.ut.ee/repository.php).

作者计划FungalTraits和UNITE同步更新。

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