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NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库

所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI的SRA数据库。同时出身EBI的ENA数据库对于下载数据有很多便利之处，所以在具体下载文件之前先了解一下这两个数据库的情况。

NCBI与EBI同属于INSDC:International Nucleotide Sequence Database Collaboration，提交给所属三个数据库的数据是可以互通的。该架构内容具体如下：

NCBI: National Center for Biotechnology Information

EBI: European Bioinformatics Institute

DDBJ:DNA Data Bank of Japan

SRA数据库: Sequence Read Archive,

ENA数据库: European Nucleotide Archive

隶属于EBI，功能上应该是与SRA类似的，但是其搜索界面更加亲民，并且对于下载fastq文件以及检查下载数据完整性更加友好，所以强烈推荐优先使用。

ENA数据库的优势
【1】可以直接获取得到 fastq 文件
【2】使用ENA数据库还有一个优势是可以确认下载数据的完整性。生信数据的大体量性带来的下载时间长（期间网络万一不正常就会波动）可能会造成下载数据的缺失等问题，这些问题一般很难在获得数据的初期被发现。ENA数据库提供了md5码这种途径来检查数据的完整性。
ENA数据库使用

首先，在数据库页面右上角搜索栏输入目标SRA检索号，确认后稍等片刻可得结果页面

其次，点击选取 Experiment 可以获得该实验下所有的测序序列数据的信息

我们可以看到隶属于该实验的两个序列数据信息，并且可以在 FASRTQ files(FTP) 栏中获得直接下载 fastq 文件的FTP 地址。

获取直接下载 fastq 文件的FTP地址

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RNA-seq分析-数据库

NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库

SRA数据库: Sequence Read Archive,

ENA数据库: European Nucleotide Archive

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