原文链接：https://www.nature.com/articles/s41596-020-00444-7

Nature Protocols：中科院遗传发育所白洋组发表文章详细介绍高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的实验流程与分析方法

植物根系微生物组的研究主要依赖于高通量扩增子和宏基因组测序技术，对微生物组的物种分类和基因组成进行描述。原位分离培养微生物对于揭示微生物在植物生长和健康中的功能非常重要。分离培养的微生物和无菌体系相结合，将揭示根系微生物与植物生长表型之间的因果关系和互作机制，是推动根系微生物组从描述向功能研究发展的重要技术。

白洋组在Nature Protocols 杂志撰写文章详细介绍高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的实验流程与分析方法。该方法从新鲜植物根系中高通量分离培养细菌，使用梯度稀释的方法增加获得单一细菌的比例，采用双侧标签PCR扩增法高通量鉴定分离培养细菌的16S rRNA基因(图1)。为便于数据处理，开发了一个简单易用的生物信息分析流程Culturome (https://github.com/YongxinLiu/Culturome)和一个图形用户界面网络服务器(http://bailab.genetics.ac.cn/culturome/)。该方法允许任何研究组(2-3个实验室成员，无需生物信息学专业知识)在8-9周内系统地培养植物根系相关细菌。利用该方法，白洋组系统地建立了植物根系细菌资源库(Nature, 2015)，揭示拟南芥三萜类化合物选择性调控根系微生物组的功能和机制(Science, 2019)，以及水稻协同根系微生物组利用土壤氮元素(Nature Biotechnology, 2019)。

图1. 高通量细菌分离培养和鉴定方法概述

此项成果于2021年1月13日在线发表于Nature Protocols 杂志(doi: 10.1038/s41596-020-00444-7)。白洋组张婧赢助理研究员、刘永鑫工程师为共同第一作者，中科院遗传发育所的白洋研究员、德国马普植物育种研究所的Paul Schulze-Lefert和Ruben Garrido-Oter研究员为共同通讯作者。白洋研究组的郭晓璇和秦媛参与了本项目。该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项、中国科学院前沿科学重点研究项目、国家自然科学基金面上项目和青年项目、以及中国科学院青年创新促进会的支持。

Jingying Zhang, Yong-Xin Liu, Xiaoxuan Guo, Yuan Qin, Ruben Garrido-Oter, Paul Schulze-Lefert & Yang Bai. (2021). High-throughput cultivation and identification of bacteria from the plant root microbiota. Nature Protocols, doi: https://doi.org/10.1038/s41596-020-00444-7

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读