Chipseq数据库的建立
这里以小鼠为例子下载相应的注释文件,基因组版本为mm10
- 下载refGene.txt.gz
网址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/refGene.txt.gz - 下载gene_info.gz文件
网址:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz - 使用写好的脚本对下载文件进行处理,小鼠tax id 10090
less -S gene_info.gz | awk -F "\t" '{if($1=="10090") print $2"\t"$3"\t"$5}' >../mm10.IDless -S refGene.txt.g |awk -F "\t" '{print $2"\t"$13}' >mm10.nameperl gene.pl ../mm10.ID mm10.name mm10-id-geneperl turn.pl mm10-id-gene refGene.txt.gz Gene.bed.2
less Gene.bed.2 |sort -k 1,1 -k 2,2n > Gene.bed
rm Gene.bed.2perl Gene2exon_intron.pl refGene.txt.gz
sort -k 1,1 -k 2,2n exon.bed>Exon.bed
sort -k 1,1 -k 2,2n intron.bed>Intron.bed
rm exon.bed intron.bedperl get4Intergenic.pl Gene.bed 2000
- GO and KEGG
less -S /ldfssz1/ST_BIGDATA/USER/yueyao/12.Pro/04.RNASeq/gene2go.gz |grep "^10090" >mm10.go
perl /ifs4/BC_PUB/biosoft/pipeline/RNA/RNA_RNAdenovo/RNA_RNAdenovo_2016a/Annotation/annot2goa.pl /ifs4/BC_PUB/biosoft/db/Pub/go/RNA/20171220/gene_ontology.1_2.obo mm10.annot /ldfssz1/ST_BIGDATA/USER/yueyao/16.Pipeline/chipseq_test/mmdatabase/GO/mm10
perl dealGOObo.pl -go /ifs4/BC_PUB/biosoft/db/Pub/go/RNA/20171220/gene_ontology.1_2.obo -prefix go
les /ifs4/BC_PUB/biosoft/db/Pub/kegg/RNA/84.0/animal.id.annot.xls |grep ^mmu >mm10.kegg
les mm10.kegg |perl -ne '$line=$_;$id=(split)[0];$gene=(split/:/,$id)[1];if($line=~/(K\d{4})/g){print "$gene\t$1\n"}' >mm10.ko
- Genome索引
染色体大小
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/mm10.chrom.sizes
转载于:https://www.cnblogs.com/raisok/p/10917749.html
Chipseq数据库的建立相关推荐
- 连接数据库是显示无法连接到服务器,如何解决出现无法与数据库服务器建立连接的方法...
<如何解决出现无法与数据库服务器建立连接的方法>由会员分享,可在线阅读,更多相关<如何解决出现无法与数据库服务器建立连接的方法(6页珍藏版)>请在人人文库网上搜索. 1.如何解 ...
- Android项目中,在一个数据库里建立多张表
一,创建一个公共的DBAdapter; 为了在整个程序运行期间调用该公共的数据库,我们定义了一个扩展自Application的CommDB类: 1,创建唯一的数据库: 1 public class C ...
- 数据库正确建立索引以及最左前缀原则
数据库正确建立索引以及最左前缀原则 转自:https://blog.csdn.net/zhanglu0223/article/details/8713149 1. 索引建立的原则 用于索引的最好的备选 ...
- 如何构建自己的云数据库?建立云数据库是否要收费?
云数据库可以帮助企业或个人存储海量数据,同时也可以进行相应的管理,是非常高效的服务.由于大多数人对云数据库相关服务并不了解,也不知道如何建立自己的云数据库,因此导致大量数据丢失.下面就让小杜来跟大家介 ...
- SQLserver的安装,sa账户的登陆,数据库的建立、表的建立及增删改
今天上完数据库的课程后,老师为我们布置了一项作业,要求每个人写一篇博客来记录自己的学习情况. 一.SQLserver的安装 我们课程是通过SQLserver来学习的,所以今天就来说一下有关SQLser ...
- 课程设计-商店管理系统(四)----数据库的建立
数据库的建立 之前的博文 课程设计-商店管理系统(一)----前端页面的制作(一) 课程设计-商店管理系统(二)----前端页面的制作(二) 课程设计-商店管理系统(三)----前端页面的制作(三) ...
- 实验二、数据库的建立和维护
注:接实验一 目录 一.实验名称 二.实验目的 三.实验内容 四.实验任务及结果 一.实验名称 数据库的建立和维护 二.实验目的 熟悉 SQL 的数据定义语言,熟练掌握使用 T-SQL 和 SQL ...
- 树图数据库的建立和原理
----------------------------树图数据库的建立和原理----------------------------- 最近遇到很多新东西:有些很有趣,有些也很乏味:当然这些是看心情 ...
- 具体事物到计算机数据的转换过程,5.3.2数据库及其建立过程.ppt
5.3.2数据库及其建立过程,高一信息技术,泸州市纳溪中学:黄治群,粤教版2003高一信息技术上册第5章第三节,,1.认识数据库,2.掌握建立数据库的基本过程,学习目标,3.用Access来创建数据库 ...
最新文章
- ASP.net:添加.net(2.0C#)FCKeditor在线编辑器步骤
- 程序员千万不要选全栈开发
- Aveiconifier是一个非常实用方便的制作ico格式文件的小工具~
- uva 10152 ShellSort
- [uEnv.txt]在uEnv.txt文件中使用if语句实现Image/dtb文件切换
- plsql怎么查看存储过程中long变量的值_面试官:详细说下基本数据类型与装箱拆箱的过程...
- 房天下数据爬取及简单数据分析
- python gui 自动化_python GUI测试自动化
- 华科开源多目标跟踪(MOT)实时新SOTA:FairMOT
- JVM优化系列-详解JVM堆内存分析
- 内蒙古联通与锡盟行政公署签大数据合作协议
- 学习笔记--asp.net页生命周期(转自msdn,仅为自己学习存储和有意读者使用)
- 【java】基于JWT的token身份认证方案
- 如何将数组中多个相同的数全部替换为另一个数_10亿数据如何快速找到某个数 | 经典算法BitMap详解...
- secureCRT 如何上传下载文件
- python----关键字参数
- RxJava2.0的初学者必备教程(九)
- 前端ajax与后端php数据传输总结
- uva 436(floyd变形)
- SQL 笛卡尔积 学习与理解