开源化学信息学库 :ScaffoldGraph
ScaffoldGraph是一个开放源代码化学信息库,使用RDKit和NetworkX构建,用于生成和分析骨架网络和支架树。
1. 特点
骨架网络生成(Varin, 2011)
通过迭代删除可用环来探索骨架空间,从而为一组输入分子生成所有可能的子骨架。输出是分子骨架的有向无环图。
HierS网络生成(Wilkens,2005年)
通过迭代移除可用环来探索骨架空间,生成所有可能的子骨架,而不会剖析稠密的环系统。
骨架树生成(Schuffenhauer,2007)
通过从分子骨架中反复去除特征最少的环来探索骨架空间。输出是一棵分子骨架树。
Murcko片段生成(Bemis,1996年)
通过迭代去除可用环,为分子生成一组murcko片段。
化合物集富集(瓦林,2010,2011)
从初步筛选数据中识别出活性化学系列。
2. 与现有软件的比较
骨架网络生成器(SNG
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