三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍
- PB：光信号，荧光基团结合碱基测序
- Nanopore：电信号
- 优点
  - 无GC偏好性
- 缺点
  - 错误率较高
  - 有效孔只有三分之一
三代测序组装方法
- 参考文献：Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data
- 常用软件
  - Canu
    - 纠错、修剪、组装
  - FALCON（PB自主开发）
    - 可做二倍体和单倍体
    - 可通过Hi-C数据对二倍体进行组装
  - MECAT
  - 文献结论
三代测序应用场景
- 基因组
  - 测序优势
    - 可价格低contig数量，减少后续拼接与注释的工作量，节省时间
    - 提高了基因组组装的完整度
  - 算法
    - OLC
    - DBG
- 表观遗传学（甲基化）
  - 总量鉴定
  - 高通量测序
- 宏基因组
- 全场转录本
- 全长16S
二代+三代组装分析比较
- Nanopore组装效果比较好
- 优势
  - 基因全面
  - 组装N50效果好
  - binning高质量基因组

三代测序的基本原理、组装方法和应用场景相关推荐

三代测序数据纠错的方法、装置和计算机可读存储介质与流程
三代测序数据纠错的方法.装置和计算机可读存储介质与流程文档序号:15616049发布日期:2018-10-09 21:24 导航: X技术> 最新专利>计算;推算;计数设备的制造及其应用 ...
使用Canu对三代测序进行基因组组装
Canu简介 Canu是Celera的继任者,能用于组装PacBio和Nanopore两家公司得到的测序结果. Canu分为三个步骤,纠错,修整和组装,每一步都差不多是如下几个步骤: 加载read到r ...
一代二代三代测序的基本原理及区别是啥啊?
illumina和pacbio的基本原理就是改造碱基,每个碱基加上不同颜色的发光基团. 测序的时候边合成边测序.和你的测序链ATGC配对完以后,配对合成好的碱基就把发光基团丢出去了,然后这个孔就会发出 ...
使用Falcon对三代测序进行基因组组装
Falcon是PacBio公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具.Falcon分为三个部分: HGAP:PacBio最先开发的工具,用于组装细菌基因组,名字缩写自Hierarchical ...
三代测序数据分析之文献推荐
三代测序数据分析之文献推荐 (2018-07-20 09:03:47) 转载▼ 分类: 文献推荐 1:下面这一篇是使用了目前可用的技术测序一个植物基因组并比较优劣 Paajanen P, Kett ...
SPAdes混合组装二代、三代测序数据
导读 SPAdes是2012年发表在Journal of Computational Biology上的一篇文章提出的二代测序组装软件,是目前引用量已经达到6200+,在宏基因组组装软件中引用量最高[ ...
从头测序+重测序 | 利用细菌二/三代测序组装全基因组草图，注释，并应用于遗传分析...
这个问题部分地解决了: 仍存在的"Error"可能与原核特殊的密码子使用.基因组存在gap区.snpEff的进一步参数选择有关. 那么我们完成了什么?假设你分离到了一株菌,是一种当 ...
三代测序关键计算技术开发及应用
三代测序关键计算技术开发及应用 Abstract 三代测序技术具有读长长(约20kbp),无PCR扩增偏好性和碱基修饰敏感性等特点,在动植物的基因组de novo组装和表观遗传检测研究中具有明显的优势 ...
Nature子刊：三代测序重构菌株水平宏基因组序列的计算框架iGDA
https://doi.org/10.1038/s41467-021-23289-4 2021年5月24日,美国西奈山伊坎医学院冯智星等在Nature Communications发文题为Detect ...

三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

三代测序的基本原理、组装方法和应用场景

三代测序的基本原理、组装方法和应用场景相关推荐

最新文章

热门文章