Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 AmberTools18

1. 环境

2. 驱动安装

2.1 驱动下载：https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/

2.2.删除原有NVIDIA驱动

2.3禁用nouveau

2.4.查询自己的显卡型号

2.5.安装

2.6.检验是否安装成功，命令

3. CUDA9.1安装

3.1 CUDA9.1下载：

3.2 在cuda下载目录下运行终端输入命令安装

3.3 安装补丁：

3.4 设置cuda环境变量

3.5 验证cuda是否安装成功

4. Amber18 & AmberTools18安装

4.1 安装环境依赖

4.2 解压安装包

4.3 配置环境变量

4.4 编译Amber18

(Amber18 的GPU支持的CUDA版本最高为9.2)

1. 环境

硬件：GPU :Quadro P600

系统：Ubuntu 18.04

2. 驱动安装

2.1 驱动下载：https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/

2.2.删除原有NVIDIA驱动

sudo apt-get remove --purge nvidia*

2.3禁用nouveau

sudo vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf

在最后一行添加

blacklist nouneau

执行

sudo update-initramfs -u

重启

lsmod | grep nouveau # 没输出代表禁用生效,要在重启之后执行

2.4.查询自己的显卡型号

lshw -numeric -C display

显卡：Quadro P600

2.5.安装

sudo chmod a+x NVIDIA-Linux-x86_64-390.46.run
sh NVIDIA-Linux-x86_64-390.46.run

只安装驱动文件，不安装OpenGL文件。这个参数最重要
安装驱动时不检查X服务
安装驱动时不检查nouveau

2.6.检验是否安装成功，命令

nvidia-smi

3. CUDA9.1安装

Ubuntu18.04默认GCC-7.3.0，由于CUDA 9.1未支持GCC-7，所以需要安装低版本的5或者<= 6.3.0，并设置为默认版本

3.1 CUDA9.1下载：

https://developer.nvidia.com/cuda-91-download-archive?target_os=Linux

3.2 在cuda下载目录下运行终端输入命令安装

sudo sh cuda_9.1.85_387.26_linux.run

阅读完协议后，选accept，除了安装nvidia驱动和安装NVIDIA_CUDA-9.1_Samples选否，之后全选yes，成功开始安装；

3.3 安装补丁：

sudo sh cuda_9.1.85.1_linux.run

3.4 设置cuda环境变量

利用： vim ~/.bashrc 命令打开~/.bashrc文件，写入下面的内容

#CUDA9.1
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-9.1
export PATH=/usr/local/cuda-9.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.1/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda-9.1/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"

保存退出之后，运行: source ~/.bashrc

3.5 验证cuda是否安装成功

cd /usr/local/cuda-9.1/samples/1_Utilities/deviceQuery
sudo make
./deviceQuery

最后出现：Result = PASS 即可。 deviceQuery, CUDA Driver = CUDART, CUDA Driver Version = 10.0, CUDA Runtime Version = 9.1, NumDevs = 1 Result = PASS

4. Amber18 & AmberTools18安装

4.1 安装环境依赖

gcc 、g++、gfortran 版本需低于6.0

apt-get install bison bc csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python

4.2 解压安装包

tar jxvf AmberTools18.tar.bz2
tar jxvf Amber18.tar.bz2

4.3 配置环境变量

~/.bashrc中加入

vi ~/.bashrc           #打开 bashrc文件#Amber18
test -f /opt/amber18/amber.sh  && source /opt/amber18/amber.sh
export AMBERHOME=/opt/amber18
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64source ~/.bashrc      #source 后立即生效

4.4 编译Amber18

编译串行版本

cd amber18./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make clean
make install -j 25
make test

编译并行版本

cd amber18./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -mpi gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make clean
make install -j 25
make test

编译GPU版本

cd amber18./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -cuda gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make install -j 25./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -cuda -mpi gnu
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make install -j 25make test

参考

https://blog.csdn.net/wzl1997/article/details/102708269

https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/73028546

https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/96433413