RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd
使用旋转计算两个分子的均方根偏差(RMSD)
使用Kabsch算法(1976)或Quaternion算法(1991)进行旋转,在两个笛卡尔坐标之间.xyz
或者.pdb
格式中计算均方根偏差(RMSD),从而得到最小的RMSD。
一、安装Anaconda
Win或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。
二、通过conda安装rmsd
pip install rmsd
或
python -m pip install rmsd
三、计算RMSD
利用calculate_rmsd --help查看使用方法
实例:
calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyzcalculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb
**********************************************************************************
参考:
https://github.com/charnley/rmsd
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