河南师范大学的「朱墨」老师录制了系列「科普」视频,完全开放于 B 站,供大伙观看参考。其中一小部分为 20+ 个「TBtools」使用讲演,均是其与团队成员亲手制备,内容详尽,可见耗时好力。尽管我写了「TBtools」,也一直维护至今。但用户使用体验这块,一直无法兼顾。朱墨老师与其团队在此上付出,且不求回报,实在难得。这或与其一直在做科普视频相关,因此,我邀请其与团队撰写稿件,与大伙共读。

- CJ-陈程杰

我为什么要做科普视频?

朱墨,段晓,蔡朋坤

朱墨:

陈老师让我们写一下做公益科普视频的初衷,我一开始是拒绝的,毕竟写少了吧,写的不清不楚;写多了吧,显得矫情。思来想去还是决定简单的写一写,说不定能唤起大家的分享欲,都开始做科普视频呢,这样一来,也算是功德一件。

在TBtools开发初期,我就开始关注并且使用了,应该是19年初时就有了“初级”版本,那时候陈老师应该还是读博,所制作的TBtools的功能也没有现在这么多功能,但是绝对是非常好用的生信分析软件。一路走来,TBtools发表于MP,现在功能越来越多也一直在优化,文章的引用超过1400+说明大家对该软件的使用频率和认可程度非常高。当然陈老师肯定是个有情怀的人(从推文就能看出来),一直在更新软件让大家免费使用。

实际上,我主要是做植物真菌病害,在初期(也是我刚回国最有激情的时候)带着本科生和研究生(段晓)做了白粉病鉴定流程的科普/教程视频,我的目的很简单,一方面想科普一下能够侵染10000多种植物的白粉菌,另一方面也想让大家了解和学习如何快速鉴定真菌病害。

去年蔡朋坤考来我这里开始研究生学习,他本科学的园艺,对生信基本是一无所知,但是我们做课题需要做一些生信分析。在看了大家的推文后,一点点学习和摸索基本把需要的生信分析给“啃”了下来。因为当时也是跟着大家的推文学习到了知识,所以也是想做一点教程,帮助后续的人(特别是本科生、研究生和生信“小白”)。我们之所以做成视频,主要还是视频可以暂停而且所有操作都可见,大家可以暂停或者照着视频一步步做,基本不会出错,从现在的反馈来看,大家对视频的认可度也比较高。从这件事我也有发现和反思:学生朋友们,只要大家好好学找对方法,都能让自己快速学到知识并且成长;对于老师,我们要多给学生关心爱护并且因材施教,让他们发挥长处并且争取让他们成“材”。

当然,做科普的另一个初衷是因为我是国家公派博士生,毕业后想为国家的科研事业贡献一份力,用我学到的知识指导和帮助更多的人(主要是研究生)(当然貌似我的指导和帮助也可有可无)。不过由于科研经费的限制,可能过了35就不搞科研了(34了还没拿到青基/捂脸),现在用有限的经费能做多少就做多少,能培养多少学生就培养多少学生吧。不过这两年用仅有少量的经费,发了几篇白粉菌的论文(in Plant Disease, Canadian Journal of Plant pathology),一篇青霉菌的论文(in Postharvest Biologyand technology),培养了一个研究生顺利毕业,一个本科生保研直博(其他考研本科生成绩未知),也算是欣慰。以后没有经费了就安心教书,给本科生传播知识,毕竟现在青年教师想搞科研太难了,经费难拿、文章难发。就像前一段院士发文,指出现在青年科研人员的不易,我想了想,院士该不会是指的他们课题组的青年教师吧?后来又想了想,既然院士没特指,我这类的应该也能算进去。想到我们青年科研人员的难处能被院士注意,心中也是暗喜。虽然现在作为青年科研人员,我们的经费、时间和精力是非有限,但是我们还会在条件允许的情况下,尽量做一些关于TBtools的教程视频,当然需要看我们有没有时间和精力。不过朱老师的能力有限,做不出来也实属正常,大家不必太过期待。。。

好了,不知不觉写了这么多,发现还跑题了。。。。

下面是我学生的简介和“感触”,大家在看视频的过程中有问题也可以直接问他们哦。

段晓:

“河南师范大学生命科学学院研究生段晓,主要从事的是白粉病及其生物防治真菌的相关研究工作,努力探索环境与人力友好型生物防治剂。白粉病作为一种传播速度快,危害面积大,感染物种多的严重植物真菌病害,化学防治已经不能满足对于白粉病的控制,因此生物防治至关重要。对于数据分析以及呈现可视化方面,TBtools作为一款成熟的软件,简单易懂,上手迅速,简化实验中的数据处理过程。”

蔡朋坤:

“对于一个初入生物信息领域的“小白”,TBtools带来了很多的帮助。其所覆盖的功能无论是对基因组信息的处理,还是后期的作图都是十分简洁有力且有效的。

朱墨老师的团队制作视频的初衷是为了让更多初入生信领域的小白少走弯路,尽快达到自己的实验目标。同时也是为了感谢并推广TBtools这款软件。虽然我们现在所掌握的生信知识和技能并不多,但是我们愿意把我们所走过的路分享给大家,为大家的科研道路扫除一些小障碍。

朱墨老师的团队是致力于研究白粉病生防菌方向。通过生防菌的生物治理方法来对白粉病进行绿色无污染、高效无反复的治理。而生信领域会对白粉病生防菌的研究提供非常大的帮助。而在此时也恰好幸运的遇见了TBtools这个软件。如果没有TBtools这款软件,在处理数据时要下很大的功夫并花费很多的时间,在制图时需要下载不同的软件同时还需要保证系统的对应,而不单单是Windows系统就可以完成的。这些对初学者来说每一步都是困难且需要付出精力和金钱的。

因此我们非常感谢陈博士,为我们带来的TBtools的软件,给我们的生信研究提供了非常大的帮助。”

[ 点击 阅读原文 跳转朱老师 B站 主页]

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