python常见的文本处理-fasta文件格式处理

1、需要将下面的fasta文件进行一个整理，将序列单行输出

方法一

f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件
for i in f1:if i.startswith('>'):f2.write('\n'+i)else:f2.write(i.strip("\n"))

结果如下，这样会有一个问题，输入的文件起始有一个空行

这时候怎么办呢？
我中间加了一次判断，如果第一次遇到>，则不进行换行

f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件
n = 0
for i in f1:if i.startswith('>'):n += 1if n == 1:f2.write(i)else:f2.write('\n'+i)else:f2.write(i.strip("\n"))
f2.close()

此时第一行的换行符就没有了。
方法二：该方法比较费内存，小文件的处理可以，太大了就不行了，主要思想就是建立一个字典，把id和序列存入字典中

f1 = open('test1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fasta','w')#整理之后的文件
a={}
for i in f1:if i.startswith('>'):id = i.strip("\n")fa=''else:fa = fa + i.strip("\n")a[id]=fa
for i in a:f2.write(i+'\n'+a[i]+'\n')
f2.close()

2、当文件处理下面的情况，如何处理呢?

第一列是我的ID，第二列是序列，处理成fasta文件

f1 = open('1.txt','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('1.fasta','w')#整理之后的文件
for i in f1[1:]:#有表头，如果无表头则将1：去掉id = i.split('\t')[0]fa = i.strip('\n').split('\t')[1]f2.write('>'+id+'\n'+fa+'\n')
f2.close()

3、有些人会说，如果我的ID有重复，但是重复的，想把序列加和到一起，最后输出，该怎么办呢？

f1 = open('1.fa','r').readlines()#需要整理的文件
f2 = open('2.fa','w')#整理之后的文件
a={}
for i in f1:if i.startswith('>'):id = i.strip("\n")[1:]#去掉大于号else:fa = i.strip("\n")if id in a:a[id]=a[id]+faelse:a[id]=fa
for i in a:f2.write('>'+i+'\n'+a[i]+'\n')
f2.close()

思想，先建一个字典，把id作为key,而序列作为value，每一次增加字典内容时，判断id是不是已经在a的key中存在，如果不存在，这时候直接将序列作为value，但是如果存在了，这是该id对应的就是已经存在的value加上现在的序列。f1读取结束后，再遍历字典，就可以了
总结：
1、open()打开文件，r代表读取，而w则是写入，a是追加
2、使用readlines()读取的文件，不需要关闭，但其他的文件是必须要关闭了，close就是关闭文件的意思
3、split是分割，而strip则是掉左右两端的某字符，这里用的是\n其实就是换行符
4、for循环和if判断语句

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