读npy、pck、nii格式数据集

下述代码中涉及到的data_path save_path 需要自行定义

读取npy格式数据集

import numpy as np
import cv2
import os#从格式文件中加载数据，得到一个图像三维数组数组，第一维是图片张数，二三维是尺寸
data = np.load(data_path, mmap_mode='r')#遍历该数组，展示每个图片并保存
for i in range(data.shape[0]):onedata = data[i,:,:]cv2.imshow('image', onedata)  #读取图片cv2.waitKey(1)  #防止读取时闪退cv2.imwrite(jpg_name, onedata)  #写到保存路径中

读取pck格式文件

import pickle
import cv2
import os
import numpy as np
import skimage.io as io#data_path和save_path 自行定义#从格式文件中加载数据，得到一个图像三维数组数组，第一维是图片张数，二三维是尺寸
with open(data_path, 'rb') as file_handler:  data = pickle.load(file_handler)#遍历该数组，展示每个图片并保存
for i in range(data.shape[0]):onedata = data[i,:,:]#归一化操作，因为onedata中的数据是uint16 范围是0-65535，我们要把它转为uint8的范围是0-255img_norm = np.zeros(layer0.shape)onedata = cv2.normalize(onedata, dst=img_norm, alpha=0, beta=255, norm_type=cv2.NORM_MINMAX)onedata = np.uint8(onedata)io.imshow(onedata, cmap='gray')io.show()io.imsave(save_path, onedata)

读取nii文件

读取nii文件和pck文件只有在加载数据时有差异，展示和保存都相同

import SimpleITK as sitkimg = sitk.ReadImage(data_path)
data = sitk.GetArrayFromImage(img)

上述都只是读取一个文件的过程，如果需要读取多个文件可以使用

files = os.listdir(path)

获得文件夹中文件列表依次遍历

为什么要归一化？

如果不使用归一化操作则会出现下面的错误，部分数据会丢失

Lossy conversion from int16 to uint8. Range [38, 1411]. Convert image to uint8 prior to saving to suppress this warning.
而如果直接对数组使用np.uint8(onedata)转换格式的话，则会直接将数组中超过255值的数据变成255，这样图片就会丢失信息。所以我们需要归一化。

读npy、pck、nii格式数据集相关推荐

Brats2020数据集的读取—＞python中对.nii格式数据读取
Brats2020数据集的读取->python中对.nii格式数据读取首先要安装了torchio,安装指令: pip install torchio torchio:一个 Python 库,用 ...
nii格式和nii.gz格式详解
文章目录 nii基础 hdr/header Extension Image 坐标体素转换矩阵转换矩阵内部参数概念转换矩阵组成转换矩阵应用 nii格式最后 nii基础大部分医学领域导出di ...
C语言函数sscanf：从一个字符串中读进与指定格式相符的数据
转载自:http://www.aiseminar.cn/html/07/t-407.html C的split string函数--sscanf sscanf 名称: sscanf() - 从一个字符串 ...
Dataset之MNIST：自定义函数mnist.load_mnist根据网址下载mnist数据集(四个ubyte.gz格式数据集文件)
Dataset之MNIST:自定义函数mnist.load_mnist根据网址下载mnist数据集(四个ubyte.gz格式数据集文件) 目录下载结果运行代码下载结果运行代码 mnist.py ...
【机器学习】 - 目标检测 - VOC格式数据集介绍与自己制作
一.VOC数据集 PASCAL VOC 挑战赛主要有 Object Classification .Object Detection.Object Segmentation.Human Layout. ...
Python：nii格式的核磁共振图像（MRI）的读取、处理、显示操作（以缩放操作举例）
基于skimage的transform模块,实现3D图像的缩放(reszie),.nii格式图像. 1. 代码功能:实现91*109*91图像,压缩为56*56*56大小结果示意: (至于为什么图像 ...
玩转肺癌目标检测数据集Lung-PET-CT-Dx ——④转换成PASCAL VOC格式数据集
文章目录关于PASCAL VOC数据集目录结构 ①创建VOC数据集的几个相关目录 XML文件的形式 ②读取dcm文件与xml文件的配对关系 ③创建VOC格式数据集 ④创建训练.验证集本文所用代码 ...
利用COCO API测试自己数据集训练的YOLOv3模型的mAP（VOC格式数据集）
目录工具前言生成标注集的json文件数据集准备将voc注解格式数据集的注解转换成txt注解格式自定义数据集的注解转换成coco的注解格式生成结果集的json文件安装darknet 获取 ...
【mmdetection小目标检测教程】三、使用sahi库切分高分辨率图片，一键生成coco格式数据集
[mmdetection小目标检测教程]三.使用sahi库切分高分辨率图片,一键生成coco格式数据集 1.确认是否需要切分图像 2.子图切分 (1)安装sahi库 (2)基于sahi切图本文我们将 ...
yolov7运行自己的VOC格式数据集
yolov7运行VOC格式数据集代码下载测试开发环境使用自己的VOC格式数据集训练修改配置文件yolov7.yaml 修改配置文件voc.yaml VOC格式数据集转换COCO格式开始训练 ...

读npy、pck、nii格式数据集

读npy、pck、nii格式数据集相关推荐

最新文章

热门文章