工欲善其事必先利其器。在做分子对接之前，我们首先要安装好分子对接的工具，现在市场已经有很多有代表性的分子对接软件，如DOCK、AutoDock、GOLD、Affinity等等。其中AutoDock是最常用的分子对接软件。

简介

AutoDock其实是一个安装包，包含AutoDock和AutoGrid两个程序。AutoDock主要负责构象搜索和评价，AutoGrid主要负责格点中相关能量的计算。AutoDock本身所包含的这两个程序是使用命令行操作的软件，没有图形界面。现在AutoDock的最新版本是AutoDock4，AutoDock还有一个另外的版本AutoDock-vina，vina相比于4具有更高的准确性。AutoDock Tools，即ADT，提供了图形化的界面来完成分子对接及结果分析工作。下边我们来介绍在Linux和Mac上安装AutoDock和ADT的步骤。

Linux的安装

在Linux系统上的安装AutoDock是相当便捷的，直接终端输入：

# 安装 autodock4
Sudo apt install autodock
# 安装 autogrid4
Sudo apt install autogrid
# 安装 vina
Sudo apt install autodock-vina

安装ADT 就要麻烦一点了。AutoDock官网上有自动编辑好的软件包，但是Linux系统下直接安装包可能会出错，我们最好使用编译的方式来进行安装。下载Linux系统的tar.gz文件。将下载的文件拷贝到opt文件下，进行安装：

cd opt
tar xzvf <your_download_file.tar.gz>
cd your_download_file
sudo bash install.sh

安装完成后，会看到类似以下的命令：

将这几行代码copy 一下，用vim 打开 ~/.bashrc文件进行粘贴，再source一下就好啦！然后直接在终端输入adt就可以打开AutoDock Tools了。

Mac上的安装

Macs上安装AutoDock 则需要先进行下载:

# 进入下载目录
cd <download-directory>
# 解压缩
tar xvzf <your_download_file.tar.gz>
# 进入解压目录
cd your_download_file
# 将二者移入系统路径
mv autogrid4 /usr/local/bin
mv autodock4 /usr/local/bin

安装之后可以进行测试，终端输入autodock4 ，返回：

则表示安装成功。

Mac安装vina同样需要下载。

# 解压缩
tar xzvf <your_download_file.tar>
# 运行
cd your_download_file
./bin/vina

Mac系统安装ADT可以直接下载dmg或pkg软件包进行安装。需要注意的是，为了成功运行ADT，X11软件是必须的。Apple官方现在附随该程序，需要我们到官网下载安装。装上之后点击打开即可。

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Mac及Linux安装Autodock及ADT

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