利用群体遗传数据估计基因组上重组率

计算所用软件：FastEPRR，需要熟悉和掌握的软件，PLINK，TASSEL， vcftools， Beagle4.1, R

准备工作：
1. 准备输入文件，phased genotype file with VCF format
2. 如何实现 phased genotype file? 假如我们手中的是unphased的 vcf 文件或者hapmap 或者plink 软件格式。
首先准备VCF 格式，可以采用Mega2软件或者TASSEL 进行转化，我的文件是plink 的格式，用TASSEL 转化（这个时候一定要设置最小等位基因频率进行过滤，否则产生的VCF文件有可能报错），如下：

./run_pipeline.pl -fork1 -plink -ped file.ped -map file.map -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05 -export file_vcf -exportType VCF -runfork1

压缩TASSEL导出的文件, 也可以直接输入。
其次用Beagle4.1对unphased的genotyoe 文件进行imputation ，命令如下：

java -jar beagle.21Jan17.6cc.jar gt=Project_vcf.vcf.gz out=Project.gz

3, 产生的VCF压缩文件要用vcftools按照染色体进行分割，分割之后再保存为压缩的vcf 文件格式，

vcftools --gzvcf file.vcf.gz --chr 2 --recode --recode-INFO-all --stdout |gzip -c > chr2.vcf.gz

4 在R中安装FastEPRR，并调用
该软件包使用VCF文件输入，必须是按照单个染色体进行的，分别有三支程序进行操作，最后把所有的结果进行整合

install.packages("package_path /FastEPRR_1.0.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(FastEPRR)
dir.create("/home/zhr/chr1_rr")#创建一个文件夹，存放第一步整理的结果
FastEPRR_VCF_step1(vcfFilePath="/home/zhr/chr1.vcf.gz",winLength="100",srcOutputFilePath="/home/zhr/chr1_rr")
dir.create("/home/zhr/chr1_output")#创建一个文件夹，存放计算的结果
FastEPRR_VCF_step2(srcFolderPath="/home/zhr/chr1_rr",jobNumber=1,currJob=1,DXOutputFolderPath="/home/zhr/chr1_output/")
dir.create("/home/zhr/chr1_results")##存放最终整理的结果
FastEPRR_VCF_step3(srcFolderPath="/home/zhr/chr1_rr",DXFolderPath="/home/zhr/chr1_output",finalOutputFolderPath="/home/zhr/chr1_results")

通过三步就可以计算一个染色体的重组率，如果要计算整个基因组的，则需要把每个染色体都按照上面的步骤运行，在Linux下可以写一个脚步，依次运行每个脚本。

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