1959年，南航设立了“解算装置”专业，是全国最早设立计算机专业的高校之一。1983年正式成立计算机工程系，2010年11月，经学校批准，成立计算机科学与技术学院，下设计算机科学与技术系、信息安全系、软件工程系、物联网工程系、计算机基础教学部和计算中心等系部。学院现有教职工85人，其中专任教师72人，博导23人(含兼职)，教授19人，副教授37人。在校学生1464人，其中本科生947人，研究生517人。学院现有计算机科学与技术一级学科博士点、博士后流动站，拥有计算机应用技术、计算机软件与理论、计算机系统结构三个硕士点，设有计算机科学与技术、信息安全、软件工程、物联网工程四个本科专业。计算机科学与技术专业为江苏省特色专业。近两年来，学院获评省级以上精品课程(群)3个，编写国家“十一五”规划教材1部、江苏省精品教材1部，承担江苏省教改项目2项。

“十一五”以来，学院年均承担国家863、973项目、国家自然科学基金、国防预研项目、航空基金以及省部委下达项目、横向合作项目和各类攻关项目30余项，年均科研到款800余万元，获得省部级以上科技成果奖8项，发表学术论文被三大检索收录395篇。

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