服务器 | 安装最新版R和Rstudio（3.5.3）

前言

目前为止，除了WGCNA分析要求内存比较高以外，windows下的R和Rstudio都能满足我的使用需求。
近来，再分析师兄的RNA-seq数据，两种处理5个时间点，差异基因很少，表型数据很多，想着再做个WGCNA分析。

1.R安装

目前，最新版本为 R 3.5.3，以此为例！
需要Root权限
见R的官方网站：
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
http://cran.stat.ucla.edu/bin/linux/ubuntu/README.html

#查看 ubuntu 系统信息
user@super-server:~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 18.04.1 LTS
Release:    18.04
Codename:   bionic
#获取 root 权限，因为只有root可以修改sources.list文件
user@super-server:~$ sudo -s
#查看源信息
root@super-server:$ cd /etc/apt/
root@super-server:~$ vim /etc/apt/sources.list
#在末尾添加相应版本的源信息
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ #我的系统是bionic
#or 选择自己喜欢的源
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

root@super-server:/etc/apt# su user
#更新源列表
user@super-server:~/etc/apt$ sudo apt-get update
…
由于没有公钥，无法验证下列签名： NO_PUBKEY 51716619E084DAB9
…
# 解决报错
user@super-server:/etc/apt$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
Executing: /tmp/apt-key-gpghome.sA6IGCcJzS/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
gpg: 密钥 51716619E084DAB9：公钥“Michael Rutter <marutter@gmail.com>”已导入
gpg: 合计被处理的数量：1
gpg: 已导入：1
user@super-server:/etc/apt$ sudo apt-get update
获取:1 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3,609 B]
获取:2 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [41.6 kB]
获取:3 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3,609 B]
命中:4 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease
获取:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [41.6 kB]
命中:6 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease
命中:7 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates InRelease
命中:8 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease
已下载 86.8 kB，耗时 2秒 (46.7 kB/s)
正在读取软件包列表… 完成

#安装 r-base，sudo默认最新版3.5.3
user@super-server:~$ sudo apt-get install r-base
# 查看R版本
user@super-server:~$ R
R version 3.5.3 (2019-03-11) – “Great Truth”
Copyright © 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

2.Rstudio安装（待更新）

师弟装的，等我咨询一下实战结果~

user@super-server:~$ sudo apt-get install gdebi-core
user@super-server:~$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.463-amd64.deb
user@super-server:~$ sudo gdebi rstudio-server-1.1.463-amd64.deb
user@super-server:~$ ifconfig # 查看服务端ip地址

还有其他检查的命令没有展示

user@super-server:~$ sudo rstudio-server verify-installation #检查是否安装正确
user@super-server:~$ sudo  rstudio-server start #启动
user@super-server:~$ sudo  rstudio-server status #查看状态
user@super-server:~$ sudo  rstudio-server stop #停止
user@super-server:~$ ifconfig |grep 'inet addr' #查看服务器ip
user@super-server:~$ sudo  rstudio-server start #修改配置文件后重启
user@super-server:~$ sudo  rstudio-server active-sessions #列出活跃的sessions
user@super-server:~$  sudo  rstudio-server suspend-session <pid> #暂停sessions
user@super-server:~$  sudo  rstudio-server suspend-all #暂停所有session

注意：

/var/log/rstydio-server/ #Rstudio日志目录
配置文件：
/etc/rstudio/rserver.conf

使用：本地浏览器打开：
http://192.168.1.103:8787。账户密码为安装时的账户密码。

Rsudio.png

3.总结

也就是更新一下源，因为ubuntu默认的源R的版本较低。
我也试过无权限下载R安装包单独安装，也成功了，但是重复操作，依赖库的关系很复杂，没有重现。
最近由于需要，我也比较执拗于新版软件，终于get最新版R和Rstudio啦！
坚持就是胜利！！！

4.参考来源

https://www.jianshu.com/p/d1b456e2375a
https://www.jianshu.com/p/6129a9517313

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