柑橘黄龙病微生物组研究

实验设计

作者选取11年的中甜的橙子，从地中选取3棵健康的树以及3棵发病的树。所有土壤收集步骤都必须在冰上进行，挖取根系2cm左右的土壤，晃动根系去掉根表松弛的土壤。然后用画笔刷刷根系以获取根围土壤；然后把所有根系置于提前冰镇的PBS溶液中，根围土壤提取的方法用Edward(2015)的超声提取法。根系要进行两次20S的超声，然后去除根系，4度，12000xg 离心1min获取沉淀。所有根表和根围的土壤样品都在LifeGuard soil preservation solution (Mobio Laboratories) 中重悬。每个样品处理时间要小于5分钟。从每颗树的四周取土壤样品然后混成一份土壤样品。所有提取的土壤样品用干冰进行运输回实验室，保存于-80度冰箱中。从每份样品中取2g土壤同时用于DNA和RNA的提取，就是同一份土壤样品用不同的DNA或者RNA 用各自的洗脱液洗脱下来。最后分别测序获得10G和8G的DNA和RNA数据量。

生信分析：

Sickle: trimming；用bowtie去除宿主序列； Megahit: de novo assembly; CD-HIT-est: unigenes; DIAMOND: taxonomic annotation; MEGAN LCA: taxonomy annotation assigned; SOAP; DESeq2; VEGAN: taxonomy and function dissimilarity; VPA variation partitioning analysis : KEGG; MicrobeCensus: average genome size (AGS).

生防菌分离与验证：

细菌的分离培养以及鉴定，作者选取了抗黄龙病效果最好的Burkholderia strains . Two representative Burkholderia strains, namely, Burkholderia metallica (strain A53) and Burkholderia territori (strain A63) 用电转的方法将gfp 质粒转到这两种菌中去。通过荧光和qPCR找到阳性克隆。将这两种菌的15 mL of 1 × 108 cfu/mL 悬液浇到1年的Valencia 甜脐橙品种的幼苗上。控制温度在28-35度，湿度80%。分别在1小时，2天，5天和9天分别提取根围和根表土壤并用PowerSoil DNA Isolation Kit进行DNA提取。检测荧光的引物GFP gene (GFPF 5′-TCCATGC CATGTGTAATCCC-3′, GFPR 5′-CCATTACCTGTC CACACAATCT-3′) was used for the detection of the inoculated strains 用来检测菌的多少。

此外作者选取了2年的Duncan葡萄树，每个做三棵树的重复，每次取1克土壤50 μg/ml kanamycin (strain native resistance for both strains)，这些CFU 鉴定的日期分别在0, 46, 60, 72, 91, 110, 131, 150 以及224天。用15 mL of acibenzolar-S-methyl (ASM) (active ingredient in Actigard 50WG) at 0.33 mg/ml 作为阳性对照。

为了确定所选取的菌株是否对三个防御相关的基因表达起作用，我们使用了反转录PCR的方法鉴定了SAM, encoding S-adenosyl-L-methioninesalicylic acid carboxyl methyltransferase; PR1, encoding pathogenesis-related protein 1; and PR2, encoding pathogenesis-related protein 2 这三个基因的表达量。基因表达量的鉴定分别在1,3,5和7天。三个生物学重复是从三株不同的植物分别取叶片样品。RNA用RNeasy Mini Kit (QIAGEN) 试剂盒提取。

实验材料:

试剂盒：DNA and RNA were extracted from 2 g of each soil sample using a RNA PowerSoil total RNA isolation kit and the RNA PowerSoil DNA Elution Accessory Kit following the manufacturer’s protocol (MO BIO Laboratories, Inc.) 这里所有的DNA和RNA都是从同一份样品中洗脱下来的！！这样RNA可以代表DNA的实时变化。

柑橘黄龙病微生物组研究相关推荐

iMeta：德布鲁因图在微生物组研究中的应用(全文翻译,PPT,视频)
德布鲁因图在微生物组研究中的应用 Applications of de Bruijn graphs in microbiome research DOI: https://doi.org/10.100 ...
Nature Protocols | 密歇根州立大学何胜阳/Tiedje团队建立拟南芥微生物组研究的标准化生长体系！...
多细胞生物体与栖息在其身体各部位的各种微生物群落不断接触.这些微生物统称为微生物群,在宿主的健康和疾病中发挥着关键作用(Nature Microbiology | 微生物组创新,实现可持续发展的未来! ...
MPB：北大口腔陈峰、陈智滨等-口腔微生物组研究主要取样部位及方法
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
BBI综述：在微生物组研究中使用宏转录组
在微生物组研究中使用宏转录组 Use of Metatranscriptomics in Microbiome Research https://doi.org/10.4137/BBI.S34610 ...
342.基于高通量技术的微生物组研究实验设计
基于高通量技术的微生物组研究实验设计 --微生物组研究,从方案设计到写作套路(二) 作者:王晓雯凌波微课版本1.0.2,更新日期:2020年9月22日好文章离不开好设计研究第一步就是要结合自己 ...
BBI：Eran Elinav组综述在微生物组研究中使用宏转录组
在微生物组研究中使用宏转录组 Use of Metatranscriptomics in Microbiome Research https://doi.org/10.4137/BBI.S34610 ...
中科院遗传发育所发表“重组菌群体系在根系微生物组研究中应用”的重要综述...
新闻稿中科院遗传发育所发表"重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用"的重要综述微生物学权威杂志<Current Opinion in Microbiology>杂志 ...
COM：中科院遗传发育所发表“重组菌群体系在根系微生物组研究中应用”的重要综述
文章目录新闻稿中科院遗传发育所发表"重组菌群体系在根系微生物组研究中的应用"的重要综述根系微生物组研究中的合成群落还原法摘要引言从整体主义到还原主义图1. 在田间.温 ...
Cell | 小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质...
撰文 | 617 责编 | 兮近年来,随着测序技术的发展,微生物组研究成为一个新热点.借助宏基因组测序技术,我们在人体的不同部位发现了多种多样的微生物,但是微生物究竟通过什么机制发挥作用影响表型呢? ...

柑橘黄龙病微生物组研究

柑橘黄龙病微生物组研究相关推荐

最新文章

热门文章