r读取shape文件可视化_【R】提取 PCA 结果并利用 ggplot2 进行可视化
最近,师妹在利用 R 对 PCA 结果进行可视化时遇到了一些问题,她说不太明白 ggplot2 怎么用在 PCA 结果上,那就安排吧。
PCA、PCoA、NMDS、RDA 等图形的本质是散点图,既然是散点图,那在可视化的时候把它们当作散点图就行了,不用管是什么算法的结果。我认为最重要的一步是能够看懂这些多元统计分析的输出结果,并从中提取出用于画图的数据,然后将这些数据和自己的分组信息进行组合。完成数据的提取和组合,剩下的技术问题就都不是问题了。
❝
我一直认为:「数据统计分析及可视化最重要的是理清楚数据结构」!
❞
rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(ggsci)
library(Cairo)
进行PCA计算
pca = prcomp(iris[1:4])
提取每个样本对应的PCA坐标
pca.res = pca[["x"]] %>%
as.data.frame()
将PCA结果和样本分组信息进行匹配
pca.res = cbind(pca.res, iris[,5])
colnames(pca.res)[5] = 'group'
计算每个主成分对方差的解释度
pca.var = pca$sdev^2 %>%
as.data.frame()
pca.var$var = round(pca.var$. / sum(pca.var) * 100, 2) # 计算各主成分所占百分比
pca.var$pc = colnames(pca.res)[1:(ncol(pca.res)-1)]
绘制碎石图看每个主成分的解释量
ggplot(pca.var, aes(pc, var, fill = pc)) +
geom_bar(stat = 'identity')+
scale_fill_igv()+
scale_y_continuous(expand = c(0,0)) +
theme_bw() +
labs(x = '主成分',
y = '主成分解释量(%)')`
进行PCA可视化
p = ggplot(pca.res, aes(PC1, PC2, color = group, shape = group))+
# 选择X轴Y轴并映射颜色和形状
geom_point(size = 3)+ # 画散点图并设置大小
geom_hline(yintercept = 0,linetype="dashed") + # 添加横线
geom_vline(xintercept = 0,linetype="dashed") + # 添加竖线
scale_color_igv()+ # 设置颜色,此处为Integrative Genomics Viewer配色
theme_bw() + # 加上边框
stat_ellipse(level = 0.95)+ # 添加置信椭圆
# 自动提取主成分解释度进行绘图
labs(x = paste('PC1(', pca.var$var[1],'%)', sep = ''),
y = paste('PC2(', pca.var$var[2],'%)', sep = '')) +
theme(legend.position = c(0.85,0.85)) # 设置图例位置,此处为相对位置
p
保存成PDF格式
ggsave(p, filename = 'figures/PCA.pdf',
width = 5, height = 5, # 设置长宽
device = cairo_pdf, # 使用cairo输出设备
family = 'Song') # 设置输出字体为宋体`
r读取shape文件可视化_【R】提取 PCA 结果并利用 ggplot2 进行可视化相关推荐
- r读取shape文件可视化_R语言读取空间数据以及ArcGIS中OLS工具回归结果可视化R语言版...
前面已经介绍过R语言读取excel的方法了,当然读取数据来说,个人还是推荐csv或txt存储(针对小数据量).大数据量的数据的话建议还是用数据库,此外也可以考虑data.table包读取,这个包也是个 ...
- r读取shape文件可视化_使用Python对大脑成像数据进行可视化分析
(由Python大本营付费下载自视觉中国) 作者 | ayuliao 出自 | hackpython (ID:hackpython) 简介大脑是人类目前所知的最复杂的器官,为了很好的了解大脑这个器官 ...
- r读取shape文件可视化_学R记3:数据可视化-ggplot2
"The simple graph has brought more information to the data analyst's mind than any other device ...
- r读取shape文件可视化_R语言之可视化②点图
正文 主要内容:准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图 ...
- R读取json文件并转化为dataframe
R读取json文件并转化为dataframe 目录 R读取json文件并转化为dataframe R读取json文件 把json转为dataframe
- R读取gmt文件的六种方式
R读取gmt文件的六种方式 kegg_geneset1 <- qusage::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是lis ...
- R读取SPSS文件(.sav)
R读取SPSS文件(.sav) 采用的是R的"Hmisc"包 install.packages("Hmisc") library("Hmisc&quo ...
- R读取excel文件乱码 read.xlsx() 解决方法
1. 参考[R语言]R读取含中文excel文件,read.xlsx乱码问题 该文章总结得很好,可以直接跳到最后看博主的总结. 2. 如果依旧是乱码那么用read.xlsx2()去读取excel文件, ...
- 使用R读取mtx文件
想问如何使用R语言读取mtx文件??? 其实非常简单,使用Matrix包的readMM函数就行. matrix_data <- Matrix::readMM("C:\\Users\\y ...
最新文章
- Python 为什么用 # 号作注释符?
- java写类似百度统计_资讯 | 与百度统计功能类似的产品—360分析系统
- java 枚举 被继承_enum不能被继承
- leetcode算法题--二叉树中的列表★
- Android中使用WebView加载本地html并支持运行JS代码和支持缩放
- 看Quick Audience 如何有效提升营销活动管理效率
- 斯诺登:FBI需要苹果帮助才能解锁iPhone完全扯淡
- C++ STL string修改
- mediacodec延时_FFmpeg优化点播延时方案
- 数据排序pandas
- 小波神经网络模型的建立,小波神经网络模型matlab
- 解读《美国国家BIM标准》 – BIM能力成熟度模型 (七)
- MP3解码算法原理解析
- pycharm激活码永久有效2019年5月28日
- 高通WLAN框架学习(36)-- ACS(Auto Channel Selection)自动信道选择
- 平安夜关于苹果的题目——1705. 吃苹果的最大数目
- 华为S7706升级到S7700-V200R008C00SPC500版本快速配置记录
- laravel 条形码
- HTML5与视频传输
- Java快速上手的编程套路