DPiWE数据库简介

DPiWE数据库收录了人类疾病、鱼类疾病及跨宿主共患病等六类疾病中的13个门（包括4个变形菌纲），116个科，221个属和1097个种下的9070株细菌病原信息（主要为细菌分类学、侵染途径和宿主信息等）和对应的16S rRNA基因序列数据。这些信息均在web端公开（dayuz.com或http://pathogen.umehd.com/），并且通过内置NoSQL数据库、Rserve和 Usearch全局搜索软件实现了对病原菌信息检索、序列比对和注释结果可视化等功能。

DPiWE数据库的诞生机缘

最初这个项目主要用于服务课题组内部，用于评估水环境扩增子数据中的潜在病原菌比例和病原传播的风险。数据库的信息完善也经历多个同学和老师的完善，从鱼类病原，逐渐增加到包含人类粪-口传播的病原菌，最后把多个数据库库中的病原信息进行了汇总，其实范围已经远超过了水环境的范围，也可以用于对其他生境中的潜在细菌病原的评估。

DPiWE数据库的技术支持

目前数据库需要联系宁波大学郭老师 (guohaipeng@nbu.edu.cn) 或侯老师 (houdandi@nbu.edu.cn) 获取使用权限。欢迎加入数据库官方QQ群：714838938，使用过程如果发现问题，欢迎及时反馈给我们。

DPiWE数据库的使用

下面主要对DPiWE数据库web端以及数据库文章中的两个案例进行介绍。

DPiWE数据库web端使用指南

DPiWE数据库的界面介绍

界面共分为4个部分：

导航栏 ，数据库的主要功能实现；
选项卡 用户当前使用的数据库功能，在分析同一个项目时，建议在不同选项卡之间进行操作；
搜索栏 根据关键词或阈值对匹配结果进行筛选；
数据表 实现对数据库匹配结果进行展示、修改或批量下载的功能。

Web端功能1

基于物种（属）名查询DPiWE数据库储存的病原信息

Web端功能2

基于DPiWE数据库的16S rRNA基因序列的物种注释

用户序列上传

数据上传注意事项：
√ 基因序列文件必须为纯文本的fasta格式（不支持任何形式的压缩文件等二进制文件）；
√ 序列文件大小不能超过20M，若序列文件较大，请拆分序列并多次上传；
√ 请及时保存注释信息等分析结果，数据库网站仅保存用户的1个月的数据。
用户上传序列文件的管理

数据删除注意事项：
√ 用户每次成功上传基因序列文件，均会在“项目管理”中自动生成一个项目；
√ 用户的每次分析的数据和结果均储存在单个的项目中，删除项目则所有的数据均被擦除，删除后数据库不记录用户的结果信息，因此请务必谨慎执行。
匹配结果的相似度筛选
物种注释信息的获取与下载

Web端功能3

基于匹配结果的可视化报告（下载弹出框内的zip文件）

DPiWE数据库案例分析

案例分析和代码下回分享^_^。

参考文献

[1] 董鹏生, 郭海朋, 王艳婷, 程皇位, 王凯, 洪慢, 侯丹迪, 吴宇华, 张德民. 水环境细菌病原数据库的构建及应用[J]. 水产学报, 2021, 45(11): 1921-1933. doi: 10.11964/jfc.20210612935
DONG Pengsheng, GUO Haipeng, WANG Yanting, CHENG Huangwei, WANG Kai, HONG Man, HOU Dandi, WU Yuhua, ZHANG Demin. DPiWE: a curated database for pathogenic bacteria involved in water environment[J]. Journal of fisheries of china, 2021, 45(11): 1921-1933. doi: 10.11964/jfc.20210612935
[2] Hou D, Hong M, Wang Y, Dong P, Cheng H, Yan H, Yao Z, Li D, Wang K, Zhang D. Assessing the Risks of Potential Bacterial Pathogens Attaching to Different Microplastics during the Summer-Autumn Period in a Mariculture Cage. Microorganisms. 2021 Sep 9;9(9):1909. doi: 10.3390/microorganisms9091909. PMID: 34576804; PMCID: PMC8469625.

【水环境病原菌数据库开发心得】相关推荐

zzfrom水木-Linux环境学习和开发心得（作者：lunker）
转自水木lunker,非常好的文章,在此鸣谢之. 本人水平有限,如果有错误和遗漏,或者有更好的建议,请大家认真的拍. 强烈建议: 文中涉及的图书最好入手一个英文版的,如果实在阅读有困难,可以在电脑中准 ...
数据库期末项目开发心得（持续更新中）
数据库期末项目开发心得文章目录数据库期末项目开发心得 1.架构的实践案例 **(1)[(23条消息) Vue + Spring Boot 项目实战(一):项目简介_Evan 的博客-CSDN博客_ ...
创建Django项目和模型（创建工程、子应用、设置pycharm环境、使用Django进行数据库开发的步骤）
1.创建Django项目文档:Writing your first Django app, part 1 | Django documentation | Django 步骤创建Django项目 ...
水环境模型与大数据技术融合研究
点击上方蓝字关注我们水环境模型与大数据技术融合研究马金锋1, 饶凯锋1, 李若男1,2, 张京1, 郑华1,2 1 中国科学院生态环境研究中心城市与区域生态国家重点实验室,北京 100085 2 ...
安卓版App开发心得
为什么80%的码农都做不了架构师?>>> 从2016年4月到6月主要做的工作是网站的开发,而6月到现在2016年8月初,主要做的工作是Android和IOS两种App的开发,又 ...
AEAI Portlet开发心得
1 背景概述 Portlet是AEAI Portal组件API,是基于Java的Web组件,由Portlet容器管理,并由容器处理请求,生产动态内容.AEAI Portal中已经预置了许多Portle ...
达梦数据库使用心得达梦数据同步软件DMHS
达梦数据库使用心得&达梦数据同步软件DMHS 文章目录达梦数据库使用心得&达梦数据同步软件DMHS 一.前言二.达梦数据库安装步骤 1:运行安装程序步骤 2:语言与时区选择步 ...
游戏开发心得——书籍篇——《游戏引擎框架》-专业工具
游戏开发心得--书籍篇--<游戏引擎框架>-专业工具 FOR THE SIGMA FOR THE GTINDER FOR THE ROBOMASTER 简介: 学习<游戏引擎框架&g ...
最新水文水动力模型在城市内涝、城市排水、海绵城市规划设计中深度应用丨SWMM排水管网水力、水质建模及海绵与水环境应用
目录第一部分 CAD.GIS在水力建模过程中的应用第二部分 SWMM模型深度应用第三部分城市内涝一维二维耦合模拟第四部分海绵城市关键控制指标计算第五部分 SWMM二次开发基础 SWMM排 ...

【水环境病原菌数据库开发心得】

水环境病原菌数据库（DPiWE）开发心得