分子克隆科研利器SnapGene,测序验证好帮手
首先需要下载软件(文末下载),然后安装,打开软件后的界面如下:
01
创建DNA文件
可以点击New DNA File输入自己从数据库上下载的序列,或测序得到的系列,对于质粒,Topology选择circular(环形),
勾选Detect common features,将一些质粒共有的常见的特征加入其中,也可以输入蛋白序列(New Protein File),或是点击Import from Genebank,输入NCBI中某序列的access number,点击OK。以NCBI上大肠杆菌为例,输入NC_000913,便可以得到细菌的完成图,此时弹出如下窗口:
图1
从该图可以看到细菌的基因组大小为4,641,652bp,即4.6Mb左右,通过该图,直观的给我们展示了细菌基因组大小
02
软件界面窗口介绍
以图1窗口为例,左下角视窗放大如下
图1是在map视窗下的显示界面,选择sequence视窗,可以得到详细的碱基序列信息,结果如下
图2
前面讲到对于质粒,选择环状,勾选Detect common features,一些质粒共有的常见特征会在软件中展示出来,图2导入NCBI中细菌基因组数据后,细菌基因组中常见的特征也展示出来了,从图中可以直观的看到红紫色标签就是该菌编码的一个蛋白序列,从起始密码子到终止密码子。
选择Enzymes,可以看到该菌含有的所有酶切位点,该图中没有限制性酶切位点,都是多酶切位点(红色箭头标出)
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来源:51xxziyuan.com
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