python动力学建模与仿真_PyMC3中的简单动力学模型
我试图在PyMC3中建立一个动力学系统的模型,来推断两个参数。该模型是流行病学中常用的基本SIR:
dS/dt=-r0*g*S*I
dI/dt=g*I(r*S-1)
其中r0和g是要推断的参数。到目前为止,我根本走不远。我见过的唯一一个例子,把这样一个马尔可夫链放在一起会产生递归太深的错误。下面是我的示例代码。在# Time
t = np.linspace(0, 8, 200)
# Simulated observation
def SIR(y, t, r0, gamma) :
S = - r0 * gamma * y[0] * y[1]
I = r0 * gamma * y[0] * y[1] - gamma * y[1]
return [S, I]
# Currently no noise, we just want to infer params r0 = 16 and g = 0.5
solution = odeint(SIR, [0.99, 0.01, 0], t, args=(16., 0.5))
with pymc.Model() as model :
r0 = pymc.Normal("r0", 15, sd=10)
gamma = pymc.Uniform("gamma", 0.3, 1.)
# Use forward Euler to solve
dt = t[1] - t[0]
# Initial conditions
S = [0.99]
I = [0.01]
for i in range(1, len(t)) :
S.append(pymc.Normal("S%i" % i, \
mu = S[-1] + dt * (-r0 * gamma * S[-1] * I[-1]), \
sd = solution[:, 0].std()))
I.append(pymc.Normal("I%i" % i, \
mu = I[-1] + dt * ( r0 * gamma * S[-1] * I[-1] - gamma * I[-1]), \
sd = solution[:, 1].std()))
Imcmc = pymc.Normal("Imcmc", mu = I, sd = solution[:, 1].std(), observed = solution[:, 1])
#start = pymc.find_MAP()
trace = pymc.sample(2000, pymc.NUTS())
任何帮助都将不胜感激。谢谢!在
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