把数值矩阵按列转化为字符串，再使用unique即可，我按数值是double型来做的，如果你的数值矩阵是整数矩阵会快些。代码如下：

function B=unique_col(A)

str=cell(1,size(A,2));

for j=1:size(A,2)

str{j}=mat2str(A(:,j));

end

[B,ind]=unique(str);

L=false(1,size(A,2));

L(ind)=1;

B=A(:,L);

end

示例如下：

>> A=round(4*rand(3,50))

A =

Columns 1 through 16

2     3     2     3     3     0     1     2     1     1     2     3     3     2     0     2

1     2     4     3     1     3     3     4     3     3     2     1     1     1     2     3

1     0     1     2     2     2     1     3     2     4     3     3     1     2     1     0

Columns 17 through 32

3     3     3     2     3     2     3     1     0     3     1     1     3     0     1     3

3     3     1     2     1     1     2     4     1     2     1     3     3     1     3     1

4     2     1     3     0     2     0     2     3     3     3     3     2     1     1     4

Columns 33 through 48

1     1     0     1     2     1     4     2     2     0     0     4     1     3     1     3

0     3     1     2     2     3     1     1     1     2     2     1     1     3     3     3

4     3     1     2     2     2     4     2     3     2     0     2     1     0     2     1

Columns 49 through 50

4     4

3     0

2     3

>> B=unique_col(A)

B =

Columns 1 through 16

2     2     3     0     2     1     3     0     2     3     3     2     3     3     1     0

1     4     1     3     4     3     1     2     3     3     1     2     1     2     4     1

1     1     2     2     3     4     3     1     0     4     1     3     0     0     2     3

Columns 17 through 32

3     1     3     1     3     1     1     0     1     2     4     2     2     0     0     4

2     1     3     3     1     0     3     1     2     2     1     1     1     2     2     1

3     3     2     1     4     4     3     1     2     2     4     2     3     2     0     2

Columns 33 through 38

1     3     1     3     4     4

1     3     3     3     3     0

1     0     2     1     2     3