docker安装Lefse和分析流程

linux通过docker 安装 lefse
默认你已经安装好docker！

下载lefse镜像文件

docker run -it biobakery/lefse bash

启动docker的lefse镜像，并且把主机文件夹挂载到镜像，这样可以在镜像中看到主机中的文件夹，下面是吧主机中的Data文件夹挂在到镜像（shared文件夹需要自己建），更改 Data权限 shared 权限也会改变。

docker run -it -v /home/dock/Data:/shared biobakery/lefse /bin/bash

转化为lefse需要的格式

format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

LDA effect size (lefse) 分析

run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res

画图

plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png

plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png

docker安装Lefse和分析流程相关推荐

扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录
QIIME http://qiime.org/ QIIME 就定量微生物生态(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)的缩写,读音同chime [tʃ ...
搭建阿里云Linux版服务器+使用docker安装EMQ、Node-RED、MySQL+本地Navicat访问数据库(增删改查)——详细流程
搭建阿里云Linux版服务器+使用docker安装EMQ.Node-RED.MySQL+本地Navicat访问数据库云服务器基础搭建注册云服务器 XShell简介部署EMQ 部署docker 物 ...
docker 安装mysql_Docker安装MySQL完整版流程
我们自己在linux上安装mysql的话,超级麻烦,安装完后还要进行各种各样的配置,之前在docker专题写了用docker安装mysql的快速版本以及修改编码的方式,这里总结一下安装流程和命令. 环 ...
【Docker学习笔记二】Docker安装、运行流程与常用命令
上一篇Blog详细介绍了Docker为什么会出现,是为了解决什么问题而出现:Docker的基本组成部分.架构.本篇Blog就来详细了解下Docker如何安装.卸载以及常用的操作命令有哪些.因为Dock ...
Davids实操笔记：docker安装使用小米SQL分析工具Soar
文章目录 docker安装使用小米SQL分析工具Soar 背景介绍官网简介功能特点线路图开始安装使用Soar 访问SOAR-WEB SOAR配置 SQL分析总结 docker安装使用小米 ...
扩增子分析流程QIIME. 1 使用Docker配置QIIME
本教程环境为Ubuntu16.04 x64 安装Docker # 安装Docker sudo apt-get install docker.io # 启动Docker服务 service docker ...
MPB：亚热带生态所谭支良组-基于微生物成分数据的差异zOTU分析流程
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
扩增子三部曲：2分析流程（共7节万字）
点击上方蓝色「宏基因组」关注我们!专业干货每日推送! 写在前面之前发布的<扩增子图表解读>系列,相信关注过我的朋友大部分都看过了.这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料,加速大家 ...
宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2：官方中文帮助文档
本网对Markdown排版支持较差,对格式不满意的用户请跳转至或"宏基因组"公众号阅读: 注:文为蓝色字均为文章链接,可点击直达写在前面 **声明:本文为QIIME2官方帮助文 ...
宏基因组扩增子2分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学
本网内容首发"宏基因组"公众号,更佳阅读体验.更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号阅读写在前面之前发布的<扩增子图表解读>系列,相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接 ...

docker安装Lefse和分析流程

docker安装Lefse和分析流程相关推荐

最新文章

热门文章