SraToolkit工具下载与安装
SraToolkit 下载与安装
- 第一步:进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下载。
- 第二步:选择“SRA Toolkit”的“Download”按钮,进入版本选择,此处我选择的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”,若想在linux系统中下载,可选择右键“复制链接地址”,然后到linux系统中用wget命令获取。
- 第三步:安装与使用
第一步:进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下载。
第二步:选择“SRA Toolkit”的“Download”按钮,进入版本选择,此处我选择的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”,若想在linux系统中下载,可选择右键“复制链接地址”,然后到linux系统中用wget命令获取。
获取sra toolkit文件:
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz
第三步:安装与使用
此安装包为免安装包,解压即可使用,但是需先配置存储位置。
tar zxvf sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz
cd sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin
vdb-config -i #配置存储位置
使用方法也比较简单:
prefetch SRR1036346 # SRR1036346为你想要获取的sra数据编号
# fastq_dump可将sra数据转化为fastq格式数据
fastq_dump --split-e SRR1036346.sra
# fasterq_dump支持多线程
fasterq_dump --split-3 SRR1036346.sra -e 10 -o SRR1036346
# 若为双端数据,则会产生两个数据,分别为SRR1036346_1.fastq 和 SRR1036346_2.fastq;若为单端数据,则只有一个数据,为SRR1036346.fastq.
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