分子模拟对接教程—带你从 0 到 1
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1. 软件安装
1). 需要安装转件名称：
AutoDock：http://autodock.scripps.edu/
mgltools：http://mgltools.scripps.edu/downloads
OpenBabel：http://openbabel.org/wiki/Category:Installation
PyMOL：https://vina.scripps.edu/
Python（3.0版本）
上述安装包除PyMOL外均可免费安装，如果在相关论文中使用了PyMOL进行三维结构呈现，但是您所在单位并没有购买此款软件，那么可能会面临官方的追责和罚款，因此可以使用响应的Vina py包，直接调取命令进行拼接。当然上述安装包，我已经上传到了百度网盘，就不需要大家一次下载了。
链接：https://pan.baidu.com/s/1PzHfd3P_C1JMkt5bkMuV3w
提取码：b2xw
2)创建工作环境
上述软件安装完毕后，我们需要选择一个盘设置一个AutoDock工作环境，以后就在该文件夹下进行分子对接，我这里设置在了D盘，新建一个名称为AutoDock的工作环境。找到AutoDock的安装文件，会发现下面两个文件，如果你没有更改安装路径，你的可能会在C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6 。然后将这2个文件复制到新建的D:\Autodock中。
同样，找到安装mgltools软件的目录，将adt.bat这个文件复制上述建立的工作环境D:\Autodock\文件中。同样如果你安装是按照默认路径安装，mgltools安装路径应该是：C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6。
3) 设置工作路径
打开AutoDock，按照下图顺序操作，找到修改工作路径的操作界面
在Startup Directory中粘贴前面自己构建的工作路径，我的是D:\Autodock\，这里就输入D:\Autodock，然后点击Make Default。就设置好默认的工作路径了，后面我们需要对接的配体分子和蛋白分子以及对接模拟结果均放在这个文件夹下面操作。
2. 选择蛋白质受体
获取蛋白质三级结构最直接的办法就是去PDB 搜索：http://www.rcsb.org/。
在搜索框内输入你需要的响应蛋白质的结构名称，比如我这里是以氨单加氧酶AMO的同源结构蛋白3chx为搜索条件。
找到自己所需要的蛋白质结构，有的蛋白质是目前没有完整的三维结构，因此我们可以参考其同源蛋白。我们参考"Resolution"这个数值。这里的3.9Å，** Å是光波长度和分子直径的常用计量单位，值越小，分辨率越高，结构越准确**。我们优先选择值小的。可以通过改变重现顺序找到值最小的。即sort by选项—>Resolution:Best to Worst。
然后进行下载，选择PDB Format文件格式，蛋白质受体文件下载完成。
3. 配体文件下载
1）获取配体结构最直接的办法就是 搜索：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
直接输入你所需要的配体分子名称即可。我这里搜索磺胺甲恶唑(SMX)。
进入你所需要的配体结构界面，点击Download，选择3D Conformer—>SDF—>Save。配体文件下载完毕。
4. 配体文件预处理
1）分子格式文件的转换
需要OpenBabel这个软件。打开软件，按照下述顺序进行操作，左侧选择我们的输入文件，这里选择SDF格式文件，然后找到我们刚才下载的文件，右侧输出文件，这里选择PDB格式文件，这里需要添加输出路径，也就是我们的工作路径，最后点击中间的CONVERT, 就会在输出路径的下产生相应的输出文件。
5.受体文件预处理
1) 去掉水分子
打开PyMoL软件。
直接打开我们下载的pdb格式的分子结构文件
我这里是打开3chx.pdb，打开之后如下图所示，并右下角选择S按钮，进而显示蛋白质的分子链，为去除水分子做准备。
然后通过序列，左右滑动，删除我们不需要的部分，比如水分子，即0全部选中，右键点击remove，就删除了。如果存在金属离子，那就需要根据需要删除。
保存去掉水分子的配体文件为PDB格式，蛋白文件命名Wie：3chx_PYMOL.pdb，到此蛋白质受体去水分子结束。
2) 受体分子加氢处理
打开AutoDockTools软件，并打开我们前面保存的文件3chx_PYMOL.pdb。
打开之后，蛋白质受体如下图所示。
接下来就是对蛋白质受体进行加氢处理，话不多说，直接上操作，步骤顺序如下图所示。
加氢结束后，会发现结构上多了许多小白点，这就说明加氢成功。
预处理到此结束，接下来就是保存为受体文件，否则后续处理配体会显示失败。操作如下图所示
这里需要注意一个细节，弹出对话框后，需要选中配体文件。
6.配体文件预处理
打开AutoDock软件，导入刚才转换格式后的.pdb格式的配体文件。
选择一个分子作为配体或受体之前，按照下图操作把所有的氢都加到这个分子上。
弹出对话框，由于最初导入的是pdb格式文件，因此这里直接默认选项，ok就可，到此就加氢完毕。
加氢完成后，将配体分子选为配体。按照下图进行操作完成。
将处理完毕后的配体文件导出为pdbqt格式。
7.AutoDock对接模拟以及结果分析
导入受体蛋白，前面处理的3chx_PyMoL.pdbqt。操作流步骤如下。
导入配体小分子
导入小分子后，我们 发现会自动匹配到受体蛋白附近，因此需要将其分离，操作步骤如下：
滑动滚轮，将整个分子都选中，如下图所示。
然后把小分子取出来，按照下述步骤进行操作，弹出窗口，选择小分子，把图中的√去掉，然后右键选中小分子，移动出选框。
然后再把上面的√勾选回去，关掉弹出窗口，保存盒子。
导出GPF文件，我这里保存为3chx.gpf
接下来运行Grid,操作如下图所示。
选择前面保存的3chx.gpf文件，log Filename一栏会自动填写
点击launch后会弹出下面这个窗口，表示程序正在在运行，不要关闭这个窗口。
这个过程，在你工作目录下生成一些map格式的文件，最开始是0KB，运行结束后文件大小会自动发生改变
接下来准备AutoDock的运行参数以及计算方法
选择前面选择的保存的pdbqt文件。
设置搜索参数和算法
弹出对话框，选择Accept
输出dpf文件
接下来运行Dock
点击Browse ，选择前面保存的dpf文件，log Filename一栏会自动填写，再点击Launch
同样不能点击Dismiss，这个过程会在工作目录产生一个相应的dlg格式文件，这个文件就是对接结果.接下来我们用ADT分析对接结果，把所有分子删除，操作如下图所示
打开分子对接的输出文件3chxC.dlg,操作如下图所示
然后继续打开受体，操作如下
然后显示了结果，操作如下
弹出对话框，选择从右往左数第二个按钮
分别选择显示信息，即可查看对接结果。
写出复合物，点击“write Comple” 弹出保存文件窗口，输出文件 pdbqt格式。至此，恭喜你，成功完成第一次分子对接模拟。还不赶快为小编点个赞！！
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