dicom和nii很复杂。
在网上找了好几个小时,很少有自己能够解释清楚的。

单个图片转dcm

推荐下载这个软件:

dicom-converter官网

缺点:只能把一张图片转化为nii格式
python代码转:

主要之前使用matlab 对numpy数组存放方式不是很了解.应该是[z,x,y]这样在itksnamp上看就对了import SimpleITK as sitk
import glob
import numpy as np
from PIL import Image
import cv2import matplotlib.pyplot as plt # plt 用于显示图片def save_array_as_nii_volume(data, filename, reference_name = None):"""save a numpy array as nifty imageinputs:data: a numpy array with shape [Depth, Height, Width]filename: the ouput file namereference_name: file name of the reference image of which affine and header are usedoutputs: None"""img = sitk.GetImageFromArray(data)if(reference_name is not None):img_ref = sitk.ReadImage(reference_name)img.CopyInformation(img_ref)sitk.WriteImage(img, filename)image_path = './oriCvLab/testCvlab/img/'
image_arr = glob.glob(str(image_path) + str("/*"))
image_arr.sort()print(image_arr, len(image_arr))
allImg = []
allImg = np.zeros([165, 768,1024], dtype='uint8')
for i in range(len(image_arr)):single_image_name = image_arr[i]img_as_img = Image.open(single_image_name)# img_as_img.show()img_as_np = np.asarray(img_as_img)allImg[i, :, :] = img_as_np# np.transpose(allImg,[2,0,1])
save_array_as_nii_volume(allImg, './testImg.nii.gz')
print(np.shape(allImg))
img = allImg[:, :, 55]
# plt.imshow(img, cmap='gray')
# plt.show()

多个图片转dcm

这里需要使用python或者dcmtk库,进行更深入细节的编程,但是需要对这两种格式本身有比较深入的了解。

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