一、问题

• 今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析，在安装DESeq2的时侯，遇到下面的报错： Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包
  

library(DESeq2)载入需要的程辑包：GenomicRanges载入需要的程辑包：GenomeInfoDbError: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包Error: 无法载入程辑包‘GenomeInfoDb’In addition: Warning messages:1: 程辑包‘DESeq2’是用R版本4.1.1 来建造的 2: 程辑包‘GenomicRanges’是用R版本4.1.2 来建造的 3: 程辑包‘GenomeInfoDb’是用R版本4.1.2 来建造的

• 我现在使用的是笔记本电脑，我的台式电脑安装就没有遇到问题，不知道为什么，于是开始搜索了一下教程，发现大家安装 DESeq2， dplyr 的时侯都会遇到不存在叫 RCurl 这个名字的程辑包的问题。

• 于是我就按照提示安装RCulr, 并且也尝试了安装GenomeInfoDb，GenomicRanges，但是又遇到新的报错如下:

installation of package RCurl had non-zero exit status

The downloaded source packages are in ‘C:\Users\sxl\AppData\Local\Temp\RtmpcJzv5g\downloaded_packages’Installation paths not writeable, unable to update packages  path: C:/Program Files/R/R-4.1.0/library  packages:    class, cluster, foreign, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme,    nnet, rpart, spatial, survivalWarning message:In install.packages(...) :  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

通过搜索发现了最终的完美的解决办法，就是直接安装二进制 binary 版本的R包。

两行代码解决：

install.packages("XML",type="binary")

install.packages("RCurl",type="binary")

参考文献： R包安装遇到“had non-zero exit status”（二） - 知乎 (zhihu.com)