提取DWI数据的FA和MD

DWI简介

扩散加权磁共振成像（DWI ）是使用特定的 MRI 序列以所获得的脑成像数据，该成像手段依靠水分子的扩散在 MR 图像中产生对比度。优于组织中的分子扩散不是自由的，而是反映了与许多障碍物（例如大分子，纤维和膜）的相互作用。因此，水分子扩散模式可以揭示有关正常或处于患病状态的组织结构的微观细节。弥散张量成像（DTI）是一种特殊的 DWI，已被广泛用于绘制大脑中的白质束图

FA和MD简介
部分各向异性分数(fractional anisotropy, FA)

测量的是白质的完整性，指水分子各向异性成份占整个弥散张量的比例，它的变化范围从0-1。0代表弥散不受限制，比如脑脊液的 FA 值接近 0；对于非常规则的具有方向性的组织，其FA值大于0，例如大脑白质纤维 FA 值接近 1。

平均弥散率(mean diffusivity, MD)

反映分子整体的弥散水平和弥散阻力的整体情况。MD只表示弥散的大小，而与弥散的方向无关。MD 越大，组织内所含自由水分子则越多。

FA和MD提取流程

1.从HCP官网下载进行了涡流校正之后的DWI数据

2.提取DWI的b0像——使用fslroi函数

#!/bin/bashDWI_dir=/media/pc02/txt/HCP_DWIfor subj in $(ls $DWI_dir)
dodir_temp=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1w/Diffusion_7Tfslroi $dir_temp/data.nii.gz $dir_temp/b0.nii.gz 0 1done

3. 将b0像剥去颅骨——使用bet2函数

#! /bin/bashDWI_dir=/media/pc02/txt/HCP_DWIfor subj in $(ls $DWI_dir)
dodir_temp=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1w/Diffusion_7Tbet2 $dir_temp/b0.nii.gz $dir_temp/b0_bet.nii.gz -o -m -f 0.2#-o生成叠加图像，-m生成掩模，-f设置分割强度阈值（默认0.5）done

4.创建FA和MD图——使用dtifit函数

#!/bin/bashDWI_dir=/media/pc02/txt/HCP_DWIfor subj in $(ls $DWI_dir)
dodir_temp=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1w/Diffusion_7T dtifit -k $dir_temp/data.nii.gz -o $dir_temp/data -m $dir_temp/nodif_brain_mask.nii.gz -r $dir_temp/bvecs -b $dir_temp/bvals --save_tensordone

5.b0像配准到个体T1像，得到变换矩阵1——使用flirt函数

#!/bin/bashDWI_dir=/media/pc02/txt/HCP_DWIfor subj in $(ls $DWI_dir)
dodir_temp_b0=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1w/Diffusion_7Tdir_temp_T1=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1wflirt -in $dir_temp_b0/b0_bet_1.6x1.6x1.6.nii -ref $dir_temp_T1/T1w_bet_1.6x1.6x1.6.nii.gz -omat $dir_temp_b0/flirt_matrix_1.txt -dof 12 -cost corratiodone

6.个体T1像配准到MNI空间，得到变换矩阵2——使用flirt函数

#!/bin/bashT1_dir=/media/pc02/txt/HCP_DWI
MNI_dir=/media/pc02/data/02_HCP_data_test/T1for subj in $(ls $T1_dir)
dodir_temp_T1=$T1_dir/$subj/${subj:0:6}/T1wdir_temp_MNI=$MNI_dir/${subj:0:6}flirt -in $dir_temp_T1/T1w_bet_1.6x1.6x1.6.nii.gz -ref $dir_temp_MNI/T1w_skull.nii.gz -omat $dir_temp_T1/Diffusion_7T/flirt_matrix_2.txt -dof 12 -cost corratiodone

7.使用两个变换矩阵将FA和MD像配准到MNI空间——使用flirt函数

#!/bin/bashDWI_dir=/media/pc02/txt/HCP_DWI
T1_dir=/media/pc02/data/02_HCP_data_test/T1for subj in $(ls $DWI_dir)
dodir_temp_FA_MD=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1w/Diffusion_7Tdir_temp_T1_sub=$DWI_dir/$subj/${subj:0:6}/T1wdir_temp_T1=$T1_dir/${subj:0:6}flirt -in $dir_temp_FA_MD/data_FA_1.6x1.6x1.6.nii -ref $dir_temp_T1_sub/T1w_bet_1.6x1.6x1.6.nii.gz -applyxfm -init $dir_temp_FA_MD/flirt_matrix_1.txt -out $dir_temp_FA_MD/data_FA_flirt_1_1.6x1.6x1.6.nii -dof 12 -cost corratioflirt -in $dir_temp_FA_MD/data_MD_1.6x1.6x1.6.nii -ref $dir_temp_T1_sub/T1w_bet_1.6x1.6x1.6.nii.gz -applyxfm -init $dir_temp_FA_MD/flirt_matrix_1.txt -out $dir_temp_FA_MD/data_MD_flirt_1_1.6x1.6x1.6.nii -dof 12 -cost corratioflirt -in $dir_temp_FA_MD/data_FA_flirt_1_1.6x1.6x1.6.nii -ref $dir_temp_T1/T1w_skull.nii.gz -applyxfm -init $dir_temp_FA_MD/flirt_matrix_2.txt -out $dir_temp_FA_MD/data_FA_flirt_2_1.6x1.6x1.6.nii -dof 12 -cost corratioflirt -in $dir_temp_FA_MD/data_MD_flirt_1_1.6x1.6x1.6.nii -ref $dir_temp_T1/T1w_skull.nii.gz -applyxfm -init $dir_temp_FA_MD/flirt_matrix_2.txt -out $dir_temp_FA_MD/data_MD_flirt_2_1.6x1.6x1.6.nii -dof 12 -cost corratiodone

原始FA像配准到个体空间的FA像配准到标准空间的FA像

提取DWI数据的FA和MD相关推荐

mrtrix3处理DTI数据代码——DWI数据进行概率追踪和纤维素追踪
mrtrix3处理DTI数据代码--DWI数据进行概率追踪和纤维素追踪 DWI预处理 1.数据准备被试DWI和T1数据,均放置在同一文件夹/home/hitlab/hitlab/GS/data/tt ...
图片播放器的实现1——利用Image2LCD提取图片数据并显示
以下内容源于朱有鹏嵌入式课程的学习与整理,如有侵权请告知删除. 参考内容 (1)https://xiefor100.blog.csdn.net/article/details/71941527 (2) ...
R语言使用psych包的fa函数对指定数据集进行因子分析（输入数据为相关性矩阵）、使用rotate参数指定进行斜交旋转提取因子、使用fa.diagram函数可视化斜交旋转因子分析、并解读可视化图形
R语言使用psych包的fa函数对指定数据集进行因子分析(输入数据为相关性矩阵).使用rotate参数指定进行斜交旋转提取因子.使用fa.diagram函数可视化斜交旋转因子分析.并解读可视化图形目 ...
R语言window函数提取时序数据数据子集（subset）：使用xts包将dataframe数据转化为时间序列数据（time series）、使用window函数从时间序列对象中提取数据子集
R语言window函数提取时序数据数据子集(subset):使用xts包将dataframe数据转化为时间序列数据(time series).使用window函数从时间序列对象中提取数据子集目录
jquery ajax 与 flask 传输 json 并且提取ajax数据作为全局变量
jquery ajax 与 flask 传输 json 并且提取ajax数据作为全局变量 jquery <!DOCTYPE html> <html lang="en&qu ...
20170601xlVBA正则表达式提取体检数据
Public Sub GetFirst()GetDataFromWord "初检" End SubPublic Sub GetDataFromWord(ByVal SheetNam ...
android字符串获取数字索引,从字符串中提取特定数据(Extract specific data from a string)...
从字符串中提取特定数据(Extract specific data from a string) 我有一个带有描述的长字符串. 我想从字符串中提取一些信息. 但我无法弄明白该怎么做. 这是字符串: C ...
Camelot:从pdf中提取表格数据
Camelot:从pdf中提取表格数据文章目录: 一.Camelot的介绍和安装 1. Camelot介绍 2. Camelot的安装 3. 其他二.Camelot的使用 1. 快速入门使用 2. ...
Matlab提取矩阵数据
首先,Matlab中,()的地位跟Python中[]的地位有点类似. 特别是在提取矩阵数据中的情况在演示之前,先建立矩阵,并看一下 M = [1,2; 3,4; 5,6] 输出的结果是: M =1 ...

提取DWI数据的FA和MD

提取DWI数据的FA和MD相关推荐

最新文章

热门文章