摘要

之前接到过dual-RNAseq，就是样品同时包含宿主和微生物，需要分别进行转录组分析。以前就拿着样本开两个项目。原核生物分析前需要去rRNA，由于测序深度较大，导致比对耗时过长，一个样品都要5h以上。后来接触了宏基因组分析，发现分析前去宿主的环节其实可以应用到这里。把去宿主后的数据用来进行原核生物的分析，减少分析时长。因此对去宿主环节进行一个记录。

工具与方法

比对工具：hisat2
sam、bam文件可视化：samtools

去宿主命令

前面质控，比对后，我们得到了sam文件，或者经过samtools sort/view 得到bam文件。接下来，我们将从sam/bam文件里提取出未比对成功的序列。

#sam文件去宿主
samtools view 02.align/delta_glnD_NODULES.sam | awk -F '\t' '$3=="*"{print $1}' | sort | uniq | seqtk subseq 01.data/trim/delta_glnD_NODULES/delta_glnD_NODULES_R2_val_2.fq.gz - > 01.data/delta_glnD_NODULES_R2_nohost.fq
#bam文件去宿主
samtools view 02.align/delta_glnD_NODULES.bam | awk -F '\t' '$6=="*"{print $1}' | sort | uniq | seqtk subseq 01.data/trim/delta_glnD_NODULES/delta_glnD_NODULES_R2_val_2.fq.gz - > 01.data/delta_glnD_NODULES_R2_nohost.fq

以上命令很好理解。对sam/bam文件可视化之后，通过awk进行分列，打印出第三/六列带“*”的序列名称。因为在sam/bam里，第三/六列代表比对到的染色体号，如果没比对上就是“*”号。提取序列名称后 sort 进行排序， uniq 进行去重， seqtk subseq 则是根据序列名称读取序列，后面分别是原始数据和序列名称的输出结果，用“-”指代。

注意

此时输出的结果是没有压缩的，所以不用对输出结果的文件大小比原始数据还大而惊讶。后面使用 gzip 对所有 .fq文件进行压缩就可以了。
操作步骤是否有问题可以根据前面跟宿主参考基因组的比对率来估计。比如比对率在60%，那去宿主后的序列数据压缩后是原始数据的40%大小。
欢迎大家加VX：bbplayer2021 （木青）进群交流，备注申请加入生信交流群。

2022.03.03【微生物】|比对后去宿主分析相关推荐

随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主的分析流程和常见问题
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议点击文末阅读原文 ...
Dapr中国社区活动之分布式运行时开发者日（2022.09.03)
自2019年10月首次发布以来,Dapr(Distributed Application Runtime,分布式应用运行时)因其"更稳定"."更可靠".&quo ...
2022年03月-电子学会青少年等级考试C语言（一级）真题与解析
微信扫码关注公众号获取更多资讯 2022年03月软件编程(C语言)等级考试(一级) 分数:100 题数:5 时间限制:1000 ms 内存限制:65536 kB 1.双精度浮点数的输入输出 [ ...
本周ASP.NET英文技术文章推荐[02/25 - 03/03]
摘要本期共有9篇文章: 借助UpdatePanel实现延迟加载技巧和诀窍:ASP.NET中的URL重写 Sys.WebForms.PageRequestManagerParserErrorExce ...
硕士毕业后去国外读法学博士_法学硕士的完整形式是什么？
硕士毕业后去国外读法学博士法学硕士:豆科大法师(拉丁)/法学硕士 (LLM: Legum Magister (Latin)/ Master of Law) LLM is an abbreviatio ...
面试题 03.03. 堆盘子
面试题 03.03. 堆盘子输入: ["StackOfPlates", "push", "push", "push", ...
当兵学c语言吗,我是一个第二年的义务兵，13.09入伍，新兵下连后去某大队学习军车驾驶，七个月后被分到了别的连队...
我是一个第二年的义务兵,13.09入伍,新兵下连后去某大队学习军车驾驶,七个月后被分到了别的连队我是一个第二年的义务兵,13.09入伍,新兵下连后去某大队学习军车驾驶,七个月后被分到了别的连队,现在 ...
那些毕业后去了小县城的人，后来怎么样了？
作者 | 果果学长来源 | 求职奶爸毕业后,我的那些个同学,都各奔东西了. 但仿佛有某种磁场,将多数人牢牢地吸拢在广.深这样的一线城市. 即使往外走一点,也还是落在了东莞.中山这样的珠三角大城市. ...
大专生当老师还是php,过来人忠告：研究生毕业后去大专当老师比去本科当辅导员更有前途...
过来人忠告:研究生毕业后去大专当老师比去本科当辅导员更有前途当下很多本科生面临严重的就业问题,选择考研的人数也是屡屡增多,其实在许多研究生眼里,如果将来毕业之后能够留在大学任职也是一件幸福的事,每天 ...

2022.03.03【微生物】|比对后去宿主分析

目录

摘要

工具与方法

去宿主命令

注意

2022.03.03【微生物】|比对后去宿主分析相关推荐

最新文章

热门文章