上一篇我也想装个linux系统！讲到linux系统的安装，实则就是为了本期准备的，因为测序数据分析涉及的大部分软件都是基于linux的，目前还没有linux系统或者打算只在windows下用R去做一些统计分析的盆友，本期可以做个了解，有需要的时候记得有这篇文章...

下面我们讲解微生物流程分析中软件的安装！

一、打开终端命令行

首先要登录进入linux系统：

左上角桌面会有一个应用程序的按钮，点击后会看到终端图标，点击打开即可：

接下来的软件安装都将在该界面下进行，所谓的命令行模式...

二、软件安装

### qiime 安装

大家可以按照以下命令安装：

# install setuptools

wget https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py

sudo python ez_setup.py

# install pip

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py

sudo python get-pip.py

# installdependence

sudo pip --default-timeout=100 install -U numpy

sudo yum install python-devel

sudo yum install libevent-devel

# install  tkinter

sudo yum install tkinter

sudo pip --default-timeout=100 install -U qiime

### usearch 安装

在官网下载

http://www.drive5.com/usearch/download.html

提供邮箱，会将下载链接发送至邮箱，64位版本需要收费。下载下来，将可执行程序上传至linux即可，另外下载一些可能会用到的python脚本：

http://drive5.com/python/python_scripts.tar.gz

下载后解压即可

### seq_crumbs 安装

wget https://bioinf.comav.upv.es/downloads/seq_crumbs-0.1.9.tar.gz

tar zxvf seq_crumbs-0.1.9.tar.gz

cd seq_crumbs-0.1.9

sudo python setup.py install

### trim_galore 安装

git clone https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore.git

### mothur安装

wget https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v.1.39.3/Mothur.linux_64.zip

unzip Mothur.linux_64.zip

### flash2安装

sudo yum install zlib-devel

git clonehttps://github.com/dstreett/FLASH2.git

cd FLASH2

make

### fastx_toolkit安装

wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2

tar xjf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2

### KronaTools安装

wget https://github.com/marbl/Krona/releases/download/v2.7/KronaTools-2.7.tar

tar xvf KronaTools-2.7.tar

cd KronaTools-2.7

./install.pl  --prefix=`pwd`

### lefse安装

wget https://bitbucket.org/nsegata/lefse/get/54694b4b0d9e.zip

unzip 54694b4b0d9e.zip

mv nsegata-lefse-54694b4b0d9e nsegata-lefse

### PICRUSt安装

git clone git://github.com/picrust/picrust.git

cd picrust/picrust/data/

wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/16S_13_5_precalculated.tab.gz

wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/ko_13_5_precalculated.tab.gz

wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/cog_13_5_precalculated.tab.gz

wget ftp://ftp.microbio.me/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/rfam_13_5_precalculated.tab.gz

cd ../../picrust

sudo python setup.py install

三、R及R包安装

R 安装详见我们今天发布的另一篇

R语言实战专题 | R语言安装

安装完成后打开R软件，命令行复制粘贴下面的脚本即可安装所有需要的R包：

### check and install R packages

need.packages1 = c('labdsv', 'RColorBrewer', 'rnaseqWrapper', 'plyr', 'VennDiagram', 'picante', 'vegan', 'mapplots', 'ggplot2', 'ape', 'ggrepel', 'entropart', 'gtools', 'mixOmics', 'MASS', 'pheatmap', 'vcd', 'maptools', 'Hmisc', 'scatterplot3d', 'igraph')

logical_res = need.packages1%in%row.names(installed.packages())

index = which(logical_res == FALSE)

if(length(index) != 0){

install.packages(need.packages1[index], repos = 'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN')

}

# bioconductor packages

need.packages2 = c('limma', 'metagenomeSeq', 'phyloseq')

logical_res = need.packages2%in%row.names(installed.packages())

index = which(logical_res == FALSE)

if(length(index) != 0){

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')

biocLite(need.packages2[index])

}

温馨提示，完成本期后想要退出linux，关闭虚拟机之前先关闭客户机哦：