微生物多样性数据分析（16S）

2024-05-02 16:45:20

微生物多样性数据分析（16S）

9个可变区，10个保守区，扩增V3区、V4区、或者一起、或者V6、V9。

OTU(Operational taxonomic unit)

OTU(operational taxonomic units) 是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。通常按照 97% 的相似性阈值将序列划分为不同的 OTU，每一个 OTU 通常被视为一个微生物物种。相似性小于97%就可以认为属于不同的种，相似性小于95%，可以认为属于不同的属。

PCA、PCoA

PCA : 主成分分析。在多元统计分析中，主成分分析（英语：Principal components analysis，PCA）是一种统计分析、简化数据集的方法。它利用正交变换来对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换，从而投影为一系列线性不相关变量的值，这些不相关变量称为主成分（Principal Components）。具体地，主成分可以看做一个线性方程，其包含一系列线性系数来指示投影方向。PCA对原始数据的正则化或预处理敏感（相对缩放）

16S 测序数据质量控制

一般都是双端Barcode

嵌合体（Chimera)

16S OTU聚类及下游分析

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