厘摩(centimorgan,cM)到底是啥鬼
根据维基百科的定义:
厘摩(centimorgan,简写为cM),或称为图距单位(map unit),是遗传连锁中的距离单位,以现代遗传学之父托马斯·亨特·摩尔根的名字命名。1厘摩的定义为两个位点间平均100次减数分裂发生1次遗传重组。连锁位点之间的距离不超过50厘摩,两个位点间距50厘摩即意味着两者完全不连锁。对于人类来说,1厘摩平均相当于100万个碱基对。参考链接:https://zh.wikipedia.org/zh-sg/%E5%8E%98%E6%91%A9
如果看了上面那段定义,你能理解厘摩的含义的话,说明你艺禀天辅。
下面通过看重组率、遗传图谱、遗传位置之间的公式解释厘摩的定义
COMBINED_rate(cM/Mb)=(Genetic_Map2-Genetic_Map1)/((position2-position1)/1000000
简单来说,如下数据所示,假如在16号染色体上的位置84170和位置85057,其对应的遗传图谱为0和0.0005246772853219cM,则根据上述公式,这两个位点之间的重组率为:(0.0005246772853219-0)/(( 85057-84170)/1000000)= 0.5915189
position COMBINED_rate(cM/Mb) Genetic_Map(cM)
84170 0.590301256 0
85057 0.5915189237 0.0005246772853219
也就是说,厘摩可以看出类似物理距离(position)的另一种距离单位;其存在跟连锁不平衡有关系。
需要注意的是,一个位点上下游10cM,对应的物理距离不一定是上下游10Mb,这是根据位点间的重组率确定的。正确的计算方式应该是,从公共数据库找到遗传图谱、重组率、位置之间的数据,再计算上下游10cM对应的物理位置在哪里。
转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/9028607.html
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