summer school

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国防科技大学 数学系 张弘

第一部分：文献检索与下载

一、背景

国产搜索引擎: 百度，搜狗，雅虎 …

文献下载

当前文献下载的囧境

出版集团利润

springer两大出版集团的净利润率远远超过bmw、苹果和谷歌，达到了惊人的35%以上。2017年elsevier收入24.78亿英镑，净利润9.13亿英镑。

课程内容

课程目的

解决文献检索和文献下载难题。

主要内容:

linux 入门

docker 入门

google scholar 使用技巧

二、linux入门

简介 linux (linux is not unix)

内核是操作系统最基本的部分。它是为众多应用程序提供对计算机硬件的安全访问的一部分软件，这种访问是有限的，并且内核决定一个程序在什么时候对某部分硬件操作多长时间。

linux 内核最初由芬兰人林纳斯·托瓦兹(linus torvalds)在赫尔辛基大学上学时出于个人爱好而编写的。

linux 系统是一套免费使用和自由传播的类 unix 操作系统，是一个基于 posix 和 unix 的多用户、多任务、支持多线程和多 cpu 的操作系统。

linux 能运行主要的 unix 工具软件、应用程序和网络协议。它支持 32 位和 64 位硬件。linux 继承了 unix 以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。

linux 发行版

linux 的发行版说简单点就是将 linux 内核与应用软件做一个打包。

市面上较知名的发行版有：ubuntu、redhat、centos、debian、fedora、suse、opensuse、arch linux、solusos 等

ubuntu 安装

虚拟机 (virtual machine)

虚拟机(virtual machine)指通过软件模拟的具有完整硬件系统功能的、运行在一个完全隔离环境中的完整计算机系统。

常见的虚拟机软件

vmware：功能强大被视为虚拟机应用程序的行业标准。

virtual box：sun oracle出品的开源、轻量级虚拟机平台。

如何使用ubuntu系统

linux常用命令

ls: 展示linux 系统目录结构

树状目录

在 linux 或 unix 操作系统中，所有的文件和目录都被组织成以一个根节点/开始的倒置的树状结构。

两个特殊的目录:

当前目录，可以使用一个点. 来表示

另一个是当前目录的上一级目录，也叫父目录，可以使用两个点 .. 来表示。

如果一个目录或文件名以一个点 . 开始，表示这个目录或文件是一个隐藏目录或文件

cd: 切换目录;

pwd, mkdir, rmdir, cp, rm, mv

绝对路径：

路径的写法，由根目录 / 写起，例如： /usr/share/doc 这个目录。

相对路径：

路径的写法，不是由 / 写起，例如由 /usr/share/doc 要到 /usr/share/man 底下时，可以写成： cd ../man

ssh: 远程登录, ssh ubuntu@***

linux下常用的终端编辑器

nano

emacs

linux 入门教材：

三、docker 入门

docker 是一个开源的应用容器引擎，基于 go 语言，并遵从apache2.0协议开源。

docker 可以让开发者打包他们的应用以及依赖包到一个轻量级、可移植的容器中，然后发布到任何流行的 linux 机器上，也可以实现虚拟化。

容器是完全使用沙箱机制，相互之间不会有任何接口(类似 iphone 的 app),更重要的是容器性能开销极低。

docker 架构

docker 使用客户端-服务器 (c/s) 架构模式，使用远程api来管理和创建docker容器。

docker 容器通过 docker 镜像来创建。

容器与镜像的关系类似于面向对象编程中的对象与类。

docker | oop

——– | —

容器 | 对象

镜像 | 类

组件 | 作用

——– | —

docker 镜像(images) | docker 镜像是用于创建 docker 容器的模板。

docker 容器(container) | 容器是独立运行的一个或一组应用。

docker 客户端(client) | docker 客户端通过命令行或者其他工具使用docker api 与 docker 的守护进程通信。

docker 主机(host) | 一个物理或者虚拟的机器用于执行 docker 守护进程和容器。

docker 仓库(registry) | docker 仓库用来保存镜像，可以理解为代码控制中的代码仓库。

docker hub 提供了庞大的镜像集合供使用。

docker 安装

docker 安装: sudo apt-get install docker.io

启动docker后台服务:sudo service docker start

测试运行: sudo docker run hello-world

docker 镜像使用

列出镜像列表

‘sudo docker imges’

选项说明

repository：表示镜像的仓库源

tag：镜像的标签

image id：镜像id

created：镜像创建时间

size：镜像大小

同一仓库源可以有多个 tag，代表这个仓库源的不同个版本，如ubuntu仓库源里，有15.10、14.04等多个不同的版本，我们使用 repository:tag 来定义不同的镜像。

使用版本为15.10的ubuntu系统镜像来运行容器时，命令如下：

sudo docker run -t -i ubuntu:15.10 /bin/bash

查找镜像

我们可以从 docker hub 网站来搜索镜像，docker hub 网址为： https://hub.docker.com/

我们也可以使用 docker search 命令来搜索镜像。比如我们需要一个httpd的镜像来作为我们的web服务。我们可以通过 docker search 命令搜索 httpd 来寻找适合我们的镜像。

sudo docker search httpd

获取镜像

sudo docker pull ubuntu:15.10

创建镜像

1.从已经创建的容器中更新镜像，并且提交这个镜像

2.使用 dockerfile 指令来创建一个新的镜像

更新镜像

更新镜像之前，我们需要使用镜像来创建一个容器

docker run -t -i ubuntu:15.10 /bin/bash

docker commit -m="message: update" -a="author" containerid zhhzhc/ubuntu:v2

docker images查看

docker 容器应用举例

在docker容器中运行一个 python web应用

docker pull training/webapp # 载入镜像

docker run -d -p training/webapp python app.py

-d:让容器在后台运行。

-p:将容器内部使用的网络端口映射到我们使用的主机上。

查看 web 应用容器

sudo docker ps

查看端口，通过浏览器访问应用

通过 -p 参数来设置不一样的端口

docker run -d -p 5000:5000 training/webapp python app.py

google mirror

sudo docker-compose -d

docker-compose.yaml文件内容为：

version: "2"

services:

google_mirror:

image: jim3ma/google-mirror

container_name: google-mirror

ports:

- "80:80"

sudo docker run -d -p 80:80 jim3ma/google-mirror

思考使用其他的镜像？

`sudo docker run -d -p 12345:12345 oddrationale/docker-SS -s 0.0.0.0 -p 12345 -k 12345 -m aes-256-cfb

四、google 使用技巧

intitle: 搜索的范围局限在标题上，只对网页的标题进行搜索并且配对，最后将结果返回给用户。 intitle: scientific computing

google会检索所有的网页，只要出现 scientific 或者 computing 其中的一个就会被匹配

allintitle: 标题包含所有关键词。allintitle: scientific computing

site: 把搜索限制在站点域名之内。scientific computing site: arxiv.org

"": 精确匹配双引号中的关键词

其它： inurl, intext, inanchor, filetype:pdf

google scholar 使用技巧

文献引用

作者信息订阅，关键词订阅

五、文献与图书下载

sci-hub

简介: sci-hub是一个线上数据库，其上提供62,000,000篇科学学术论文和文章。网站通过“.edu”代理服务器访问相关页面，也就是借用各个学校的权限，将之集成，实现文献免费下载。网站每天会上传新的论文文章，通过输入文献的链接或者doi或者pubmed号可以下载几乎所有sci论文。

作者: 哈萨克斯坦软件开发暨神经技术研究生亚历珊卓·艾尔巴金(alexandra elbakyan)建立，在2011年9月5日正式上线

镜像: sci-hub站点的本体由于受到了各大出版垄断集团的打击，经常无法访问，国内有一个网站会列出大陆地区可以正常访问的站点。www.sci-hub.tw

图书下载: 2013年开始，sci-hub与俄罗斯的教育书籍和档案数据库创世纪图书馆(library genesis - libgen)合作，在其开发的网站gen.lib.rus.es可以下载大部分英文书籍。

使用方法

可以采用论文标题，doi以及url网址等方式进行检索下载，其中最有效的方式是url网址，其次是doi (digital object identifier)，最后才是论文标题。

在出版社域名后加.sci-hub.tw下载文献。

https://www.springer.com.sci-hub.tw/gp/book/9783642640988

sci-hub是一个很好的文献下载工具，但是它并不是很好的文献检索工具，直接输入作者或者关键字是没用的，输入卷期号也并不能得到相关文献，因此，推荐大家将google scholar和sci-hub结合起来使用，采用google scholar进行检索，得到相关文献的url网址之后，再采用sci-hub来免费下载文献

六、数学新闻订阅

the cam/na digest are collections of articles on topics related to computational and applied mathematics and those who practice it