nnDetection复现Luna16 附模型
前提概要:
淘论文发现nnDetection框架对肺结节的检测效果挺好,便跑了跑复现了下, 作者诚不欺人,确实挺好, 并附上我依据文档训练的模型。
复现步骤:
1.安装 cuda11.4, cudnn8.2.4
2.创建虚拟环境
conda create -n py38 python=3.8
3.安装 pytorch
pip install torch torchvision torchaudio --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu114
4.下载 nnDetection 项目
进入 nnDetection-main, 执行如下命令, 安装依赖包
pip install -e .
5.设置环境变量
export det_data=/data/code/nnDetection-main/
export det_models=/data/code/nnDetection-main/Task016_Luna/models/
export OMP_NUM_THREADS=1
export det_num_threads=6
6.数据集构造
创建 Task016_Luna/raw 文件夹
将 subset1 - subset10 luna16 数据放到 Task016_Luna/raw 文件夹中
最后文件视图如下格式:
7.预处理
# 该脚本将 luna16 原 .raw 格式数据另存为 .nii.gz 格式, 并利用 annotations.csv 中提供的结节信息,构造 结节的标签信息以及mask数据
python Task016_Luna/scripts/prepare.py
8.依次执行如下官网提供的如下指令
nndet_prep Task016_Luna -np 16 -npp 16
nndet_unpack ${det_data}/Task016_Luna/preprocessed/D3V001_3d/imagesTr 6 (耗时一个半小时)
nndet_train Task016_Luna --sweep
nndet_sweep Task016_Luna RetinaUNetV001_D3V001_3d 0
nndet_eval Task016_Luna RetinaUNetV001_D3V001_3d 0 --boxes --analyze_boxes
nndet_consolidate Task016_Luna RetinaUNetV001_D3V001_3d --sweep_boxes
nndet_predict Task016_Luna RetinaUNetV001_D3V001_3d --fold 0 --test_split --no_preprocess
跑完如上脚本后, 在配置的det_models
路径下会生成如上文件夹, 因为训练实在是太耗时, 我使用RTX5000, 16GB显卡训练了6天得出了10折交叉验证中的一折的结果, 结果已经很不错了, 就没继续跑,如下是框架生成的FROC曲线,可以看到结果确实很不错。
附件(点击下载)
附件中的文件在直接使用模型推理时需要用到
nnDetection复现Luna16 附模型相关推荐
- 李沐团队新作Gluon,复现CV经典模型到BERT,简单好用 | 强烈推荐
参加 2019 Python开发者日,请扫码咨询 ↑↑↑ 责编 | Jane 出品 | AI科技大本营(公众号id:rgznai100) [导语]上周,李沐老师公布 GluonNLP0.6 版本,借助 ...
- oracle sql 调用自定义函数_PSCAD入门教程(第7节):怎样调用fortran编写的自定义函数?(附模型)...
PSCAD入门教程(第7节):怎样调用fortran编写的自定义函数?(附模型)mp.weixin.qq.com https://www.zhihu.com/video/12422083467175 ...
- 重温CS1.5(解决卡通模版人物死后不倒的问题,并附模型下载)
"十.一"结束之际,突然看到网上有段精彩甩狙视频,不禁怀念起大学时代的CS风潮,便花5分钟下载了CS1.5硬盘版.当载入程序后,人物还真的挺滑稽的!看下图: [align=cent ...
- 光伏直流微网储能系统 pv电池模型建立;mppt最大功率点跟踪;控制策略;以及蓄电池储能;另外附模型参考文献
光伏直流微网储能系统 pv电池模型建立:mppt最大功率点跟踪:控制策略:以及蓄电池储能:另外附模型参考文献! 有需要附带视频讲解 在传统的独立光伏发电系统中,蓄电池直接与直流母线相连接,其充放电电流 ...
- 配电网可靠性评估(4)—(顶刊复现)基于优化模型的配电网可靠性评估
之前的博客中介绍了配电网可靠性评估的三种方法.分别是解析法中的最小路法,以及序贯蒙特卡罗模拟法及非序贯蒙特卡洛模拟法,顺带提到了含有分布式电源的配电网可靠性评估方法. 配电网可靠性评估(一)最小路法和 ...
- CST微波工作室 简单微带天线复现(内附模型)
微带天线模型建模 介质基板尺寸:宽为ww,长为ll. 贴片尺寸:宽为w,长为l. 微带线尺寸:宽为m,长为-l/2+ll/2. 具体参数在文章底部的文件中. 仿真过程 第一步是打开CST,点开File ...
- CNN架构复现实战 | 附视频和github项目
点击上方"小白学视觉",选择加"星标"或"置顶" 重磅干货,第一时间送达 经常会看到类似的广告<面试算法岗,你被要求复现论文了吗?&g ...
- 复现计算机论文模型,深度学习模型复现难?看看这篇句子对模型的复现论文
原标题:深度学习模型复现难?看看这篇句子对模型的复现论文 在碎片化阅读充斥眼球的时代,越来越少的人会去关注每篇论文背后的探索和思考. 在这个栏目里,你会快速 get 每篇精选论文的亮点和痛点,时刻紧跟 ...
- 复现计算机论文模型,COLING 2018 最佳论文解读:序列标注经典模型复现
原标题:COLING 2018 最佳论文解读:序列标注经典模型复现 在碎片化阅读充斥眼球的时代,越来越少的人会去关注每篇论文背后的探索和思考. 在这个栏目里,你会快速 get 每篇精选论文的亮点和痛点 ...
最新文章
- hdu 4190(二分)
- C++ Primer 5th笔记(chap 19 特殊工具与技术)类成员指针
- 五一商圈之外,红星商圈再塑长沙商圈第二极
- js实现下拉框多选_bootstrap基础快速入门-10 dropdown下拉框
- 前端学习(1943)vue之电商管理系统电商系统之通过路由加载商品分类
- python 安装包时出现红字_你好啊!Python,初次见面,多多指教
- ES6新特性_ES6模块化介绍_优势_以及产品---JavaScript_ECMAScript_ES6-ES11新特性工作笔记041
- Shell之分支结构和循环结构
- 别把机器学习和人工智能搞混了! 1
- 27. 二叉搜索树与双向链表(C++版本)
- readline函数重新定位到第一行_学习MATCH函数3种匹配方式,轻松确定数据位置和数量...
- (二十一) Sed编辑器高级部分
- Table is marked as crashed and should be repaire (
- web前端--面试题
- 2023兰州理工大学计算机考研信息汇总
- 国际多语言版抖音快手脸书LINETIKTOK悬赏平台
- 常用到的Eclipse快捷键
- android刷广告,android – 广告不可见.没有刷新广告.屏幕关闭后
- 2021-07-18 2021年美容师(初级)考试内容及美容师(初级)考试总结
- [导入][香港][动作][夺帅][DVD-R/400M][国语中字][吴京、洪金宝、任达华08最新巨献]...
热门文章
- 【elastic-job】elastic-job部署以及简单例子
- 织梦dedecms导航指定栏目加上rel=nofollow的方法
- BT5R3下安装metasploit
- QQ、新浪微博、微信、QQ空间分享
- 借助“商业模式画布”探索产品的用户需求与价值主张
- 基于 Gin 的会议室预约 API 设计 (二)
- IL2CPP does not support marshaling delegates that point to instance methods to native code
- 51Nod 2128 前缀异或 c/c++题解
- 题目3 求n阶方阵的和(ok)
- 【JY】浅谈结构设计