gaussian安装教程linux,linux下Gaussian安装与运行.docx
Linux版高斯03的安装方法
安装g03有以下几步:例如我要安装到/home/xiaoyuan下
用如下命令解压 tar -zxvf file name
2、解压得到g03文件夹后,cd进入g03文件然后进入其
bsd文件夹,运行./install
3、修改你用户路径下的.bashrc文件,比如你的用户名为
xiaoyua n,贝U
vi /home/xiaoyua n/.bashrc
在最后的test -s ~/.alias && . ~/.alias || true下面添加以下几行:
g03root=/home/xiaoyua n/Gaussia n
GAUSS_SCRDIR=/home/xiaoyua n/Gaussia n/g03/scratch
export g03root GAUSS_SCRDIR
.$g03root/g03/bsd/file
其中第一行为高斯安装目录,第二行为高斯临时文件夹目录。
保存修改(按 Esc建回到一般模式(左下角插入标志消失),然后打入:wq回车进行保存)退岀.bashrc 。
然后运行 source /home/xiaoyuan/.bashrc女口不提示错误就好了。
注:若要在进去bashrc修改,则按下Esc,然后按A键就可以编辑了 .
在/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/下建立 scratch 文件夹。
可以放个小分子的 ch4.gjf 文件到scratch 里面,然后cd到scratch 这个目录,运行命令 g03 ch4.gjf& 运行,正常运行说明安装成功
下面是我用的,你把你的改成相应的路径。
1 )建立一个gauss.sh 文件如下。
#! /bi n/sh g03root=/cluster3/gaussian
GAUSS_SCRDIR=.
export g03root GAUSS_SCRDIR
#LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/cluster3/gaussian/g03
if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
LD_LIBRARY_PATH="/cluster3/gaussian/g03"; export LD_LIBRARY_PATH else
LD_LIBRARY_PATH="/cluster3/gaussian/g03:${LD_LIBRARY_PATH}"; export LD_LIBRARY_PATH
fi source $g03root/g03/bsd/fil
2)
然后在 ~/.bash_profile 文件中 source 这个文件
source gauss.sh
2 编辑 .bashrc 文件。
用一个文本编辑器打开你的 home 下的 .bashrc 文件, ubuntu 下的 vi ,不好用,新手不推荐用,我有一 个 .vimrc 文件,如果你不知道怎么对这个文件修改,可以直接用我的附件里的 .vimrc 覆盖你 home 下的文件, 你的 vi 会非常好用,言归正传,在你的 .bashrc 文件最后加上这么几行
###########################################################
#######
# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/home/userid/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH
###########################################################
#######
带下划线加粗的地方要根据自己情况修改。
3重启bash,当然不需要让你的机器重启。输入bash,或是再打开一个窗口就可以了。
:dos2u nix4 win 下生成的*.gjf文件因为格式问题不能直接使用,需要用dos2unix
:dos2u nix
*gjf
5运行g03有两种方式。
g03 foo.gjf ,会生成一个 foo.log 文件
g03 < foo.gjf,会把输岀放到屏幕上,可以用输岀重定向。g03 < foo.gjf > foo.log
有地方说linux 下g03的输入文件后缀名为.com,没有不要,linux下文件不区分后缀名。
6有时会有这样的问题,开机后/tmp/userid/g0
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