2007

年

8

月

, 29(8): 1023

―

1026

ISSN

0253-9772    www.chinagene.cn

研

究

报

告

收稿日期

:

2006

−

12

−09

;

修回日期

:

2007

−02−

04

基金项目

:

国家重点基础研究发展规划

(973

计划

)

项目

(

编号

: 2003CB715900),

教育部博士后基金

(

编号

: 20060390012),

国家高技术研究发展计

划项目

(

国家

863

计划

)

和国家科技大平台项目资助

[Supported by the Key Project of Chinese National Programs for Fundamental Re-

search and Development (973 Program)(No. 2003CB715900), MOE (No.20060390012), Chinese National Programs for High Technology

Research and Development(863 Program) and China High-Tech Platform Program]

作者简介

:

郭安源

(1980

−

),

男

,

江西人

,

博士研究生

,

专业方向

:

生物信息学。

E-mail: guoay@mail.cbi.pku.edu.cn

通讯作者

:

罗静初

(1947

−

),

男

,

上海人

,

教授

,

博士生导师

,

研究方向

:

生物信息学。

Tel: 010-********

；

E-mail: luojc@mail.cbi.pku.edu.cn

DOI: 10.1360/yc-007-1023

GSDS:

基因结构显示系统

郭安源

,

朱其慧

,

陈新

,

罗静初

北京大学生物信息中心

,

北京大学蛋白质工程和植物基因工程重点实验室

,

北京大学生命科学学院

,

北京

100871

摘要

:

构建了一个用于绘制基因结构示意图的网站系统

(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)

。

用户可提交核酸序列、

NCBI

核酸序列号或基因外显子位置信息

,

得到基因结构示意图

;

并可指定在基因结构图上标注某些特定区域。系统

允许用户同时输入多个基因

,

并指定输出次序和标注区域。结果可用位图和矢量图两种图形格式显示。点击位

图格式结果

,

可以查看相应序列。系统提供中英文两种用户界面。

关键词

:

基因结构示意图

;

生物信息网络工具

;

计算机图形

GSDS: a gene structure display server

GUO An-Yuan, ZHU Qi-Hui, CHEN Xin, LUO Jing-Chu

Center for Bioinformatics

,

Peking University

,

Beijing

100871,

China

Abstract

:

We developed a web server GSDS (Gene Structure Display Server) for drawing gene structure schematic dia-

grams. Users can submit three types of data

：

CDS and genomic sequences, NCBI GenBank accession numbers or GIs, exon

positions on a gene. GSDS uses this information to obtain the gene structure and draw diagram for it. Users can also desig-

nate some special regions to mark on the gene structure diagram. The output result will be PNG or SVG format picture. The

corresponding sequence will be shown in a new window by clicking the picture in PNG format. A Chinese version for the

main page is also built. The GSDS is available on http://gsds.cbi.pku.edu.cn/.

Keywords:

gene structure display; bioinformatics web tool; computer graphics

基因结构示意图可直观地显示基因结构

,

常用

于基因可变剪切、基因家族分析。

NCBI

基因数据

库

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=

gene)

、

TIGR

模式生物基因组数据库

(http://www.

tigr.org/)

都提供在线基因结构图。我们开发的拟南

芥、水稻和杨树转录因子数据库

(http://planttfdb.cbi.

pku.edu.cn/)

也用图形方式提供了各转录因子基因结

构

[1, 2]

。

此外

, NCBI

剪接序列比对在线工具

(Splign,

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/splign/)

[3]

,

用于

cDNA

序列与基因序列比对

,

同时显示基因结构图。

用户可提交一条基因序列和

5

条以下

cDNA

序列

,

并以可移植的网络图象文件格式

(Portable Network

Graphics, PNG)

显示基因结构。

进行基因家族分析时

,

经常需要得到该基因家族所有基因的结构示意图。

此外

,

有时需要对所得基因结构示意图进行编辑处

理

,

如缩放、标注等。但

PNG

是一种位图格式

,

难

以进行上述不失真的编辑

,

因此有必要提供可编

辑的矢量图格式

(Scalable Vector Graphics, SVG)