解决lefse配置过程中遇到的问题

记录centos7.5中配置lefse过程中遇到的问题

1、下载lefse软件包，解压，查看 “requirements.txt” 文件，需要的R和python包列表：

- R
- R libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, MASS
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher), numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher), argparse

R的几个包安装没有问题，略过
主要遇到的问题是 rpy2 这个包，我的服务器python版本是2.7，而新的rpy2已经不支持python2，
因此不能直接使用 pip install 安装，只能下载到本地安装，而且只能下载旧版本：
https://pypi.org/project/rpy2/2.5.0/#files
尝试了几个版本之后，我最终选了2.5.0版本。

sudo python setup.py install
报错： /bin/ld: cannot find -lR

又报错了，搜了一下这种报错一般是需要的lib不能在默认路径下找到，解决办法一般是做个软链接即可：
找到R lib路径下的几个文件：“libRblas.so” “libR.so” “libRlapack.so”
一般在这几个地方：
“/usr/local/lib64/R/lib/”
“/usr/local/lib/R/lib/”
“/usr/lib64/R/lib/”
“/usr/lib/R/lib/”
如果没有，据说要重新装R，并且在编译的时候加上： ./configure --enable-R-shlib 参数

我在服务器找到了这些文件，做个链接就可以了，（而且后面我重新装新版本R（3.6.0）的时候，默认就生成了这些文件），全部链接到默认lib路径：

 ln -s `/usr/local/lib64/R/lib/{libRblas.so,libR.so,libRlapack.so} /usr/lib/（/usr/lib64）`

重新安装rpy2，成功；

测试lefse：

python run_lefse.py --help 继续报错：
ImportError: No module named singledispatch

看来是少了个python模块： singledispatch
下载安装： https://pypi.org/simple/singledispatch/

python setup.py

居然没有报错

再来测试lefse： python run_lefse.py --help

没有显示报错了，因为我有服务器的root权限，所以配置相关文件的时候比较方便，目前还不知道没有root权限怎么操作。

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