fMRI Tutorial:FSL处理功能核磁共振数据

第一步：下载数据
任务：the Flanker task
数据来源：Openneuro

第二步：描述the Flanker task
认知心理学的经典实验，作用为评估忽略干扰刺激的认知能力。
被试的任务：用按键指出图片中最中间的箭头的方向。图片分为两类：
一类是中间箭头方向与左右不一致（Incongruent）；一类是中间箭头方向与左右两边一致(Congruent)。

如果想自己体验这个认知实验，可以访问cognitive fun
任务设计：

任务之间的间隔时间为8s-14s中随机一个比如10s。
目标：得到两种条件下的Bold信号，并计算它们之间的差异。contrast
即为：Incongruent-congruent,congruent-incongruent。

第三步：预处理数据，将所有操作保存为design_run1.rsf文件。
1.提取大脑皮层部分（结构像）
2 头动校正
3 层间时间校正
4 配准和标准化
5 检查预处理的效果

FSL可以直接利用GUI界面完成fmri预处理步骤。
*.

提取大脑皮层部分（结构像）*

1 点击BET brain extraction
2 Fractional intensity设置为0.2
点击Go

这里输入为结构像

头动校正、层间时间校正、配准和标准化

将所有操作保存为design_run1.rsf文件。
1点击 FEAT FMRI analysis
在Data界面输入数据；Output directory设为run1

按下done,则有：

将所有操作保存为design_run1,然后利用for循环可对所有被试进行同样的数据处理。

#!/bin/bash# Generate the subject list to make modifying this script
# to run just a subset of subjects easier.for id in `seq -w 1 26` ; dosubj="sub-$id"echo "===> Starting processing of $subj"echocd $subj# If the brain mask doesn’t exist, create itif [ ! -f anat/${subj}_T1w_brain_f02.nii.gz ]; thenecho "Skull-stripped brain not found, using bet with a fractional intensity threshold of 0.2" bet2 anat/${subj}_T1w.nii.gz anat/${subj}_T1w_brain_f02.nii.gz -f 0.2 #Note: This fractional intensity appears to work well for most of the subjects in the Flanker dataset. You may want to change it if you modify this script for your own study.fi# Copy the design files into the subject directory, and then# change “sub-08” to the current subject numbercp ../design_run1.fsf .cp ../design_run2.fsf .# Note that we are using the | character to delimit the patterns# instead of the usual / character because there are / characters# in the pattern.sed -i "s|sub-08|${subj}|g" design_run1.fsfsed -i "s|sub-08|${subj}|g" design_run2.fsf# Now everything is set up to run featecho "===> Starting feat for run 1"feat design_run1.fsfecho "===> Starting feat for run 2"feat design_run2.fsfecho# Go back to the directory containing all of the subjects, and repeat the loopcd ..
doneecho