charmm在Linux中的使用方法,科学网—Gromacs中添加CHARMM力场

CHARMM力场提供了很多生物分子的力场参数，如蛋白质、脂质、核酸等，Gromacs中自带了CHARMM27力场，当然也可在Gromacs官网上下载到已转换成Gromacs支持的CHARMM36力场。不过使用Gromacs做MD模拟的朋友如果想模拟一个Gromacs中没有定义力场参数的分子，如糖，就需要手动为Gromacs添加相关力场参数了。这些力场参数多数从文献中得到，并且一般都是CHARMM格式的，即.prm和.rtf格式，如何将它们转换成Gromacs支持的格式呢？这篇文章会详细讲解转换过程，并且给出python脚本以供参考。

首先分别讲解一下CHARMM软件和Gromacs软件如何完整定义一个分子的力场。在CHARMM软件中，主要通过2个文件来实现：.rtf和.prm。

.rtf文件定义了原子类型、各类型原子的质量、原子偏电荷、分子的键连接以及氢键等，它的格式如图1。MASS是用来定义原子类型的，每一行都定义了一种原子类型。

图1. TIP3水分子的.rtf文件，CHARMM中“！”后面的内容是注释

MASS后面跟着原子编号、原子类型名、原子质量和元素符号。GROUP语句用来定义一个残基(也可以是单独的分子)：ATOM定义了残基中各原子的名字、所属的原子类型和该原子所带的偏电荷；BOND定义残基中原子的键连接情况，以原子对形式列出，如图1中的水分子定义了3个键OH2-H1、OH2-H2和H1-H2(最后一个键是SHAKE限制算法用到的)；ANGLE定义键角；DONOR和ACCEPTOR分别用来定义氢键供体和受体。

.prm文件中定义了与能量相关的参数，如键伸缩能，键角、二面角的力常数以及范德华参数，图2给出了TIP3水分子的.prm文件。

BONDS数据块是用来定义键伸缩振动能量的，用简谐振动来近似：

BONDS数据块每行有4个字段，前两个是成键原子的类型，后两个分别是公式中的Kb(kcal/Å2/mol)和b0(Å)。

ANGLES数据块用来定义键角振动，同样是用简谐振动来近似：

ANGLES数据每行有5或7个字段，后者是加了Urey-Bradley项的。前3项是形成键角的原子的类型，后面4项分别对

charmm在Linux中的使用方法,科学网—Gromacs中添加CHARMM力场 - 贾壮的博文相关推荐

matlab中syms怎么替代,科学网—Matlab中的syms与conj - 孔令才的博文
Matlab提供了强大的符号计算功能,主要利用syms函数创建符号变量,例: >> syms x a b; >> diff(a^(b*x)+exp(a*x^2+b*x),x) ...
linux卸载netcdf,科学网-Ubuntu中安装netcdf4以上方法-伍志元的博文
netcdf4以上(印象中应该是4.1.3以上)的版本将c和Fortran分开,也就是要先装netcdf-c才能装netcdf-fortran. 电脑出现故障,近期将zlib,hdf5,curl,ne ...
Linux中autoduck批量对接,科学网—用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 - 杜文义的博文...
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Autodock分子对接教程 First release:2017-12-20 Last update: 2018-07-24 Au ...
linux中硬链接文件,科学网—Linux:文件的符号链接和硬链接 - 刘洋洋的博文
参考:中国大学MOOC课程<Linux系统管理>,授课教师:颜晨阳. 推荐阅读: t.cn/RLXkhpc 1 符号(symbolic)链接与Windows的快捷方式很像,这些文件很小, ...
matlab trapz二重积分函数_科学网—MATLAB中的数值积分方法 - 王福昌的博文
实际应用中在MATLAB里面都有开发好的命令可以使用,如 quad(), quadl(),quad2d(),triplequad() .需要掌握这些命令的用法. 1. 定积分 trapz(),qua ...
matlab中的mkdir函数_科学网—Matlab中计算函数运行时间的三种方法及判断新建文件夹 - 张伟的博文...
(一)运行时间 1.tic和toc组合计算daotic和toc之间那专段程序之间的属运行时间,它的经典格式为 : tic 函数 toc 复制函数代码,当代码遇到tic时Matlab自动开始计时,运行 ...
linux中常用名词解释,科学网—linux中常见名词解释 - 武海丹的博文
Shell:是系统的用户界面,提供了用户与内核进行交互操作的一种接口.它接收用户输入的命令并把它送入内核去执行.实际上Shell是一个命令解释器,它解释由用户输入的命令并且把它们送到内核.(当用户发出 ...
linux中怎么卸载gamit,科学网—Windows下自带Linux使用GAMIT问题 - 陈超的博文
1.安装略微变化 sudo apt-get update sudo apt-get install gcc sudo apt-get install gfortran sudo apt-get ins ...
python中几种读取文件的方法_科学网—python中几类文件的读写 - 郗强的博文
所使用python模块为json.csv等. 一.json文件读写 1.JSON简介:其全名为JavaScript Object Notation是一种轻量级的数据交换格式.Json最广泛的应用是作为 ...

charmm在Linux中的使用方法,科学网—Gromacs中添加CHARMM力场 - 贾壮的博文

charmm在Linux中的使用方法,科学网—Gromacs中添加CHARMM力场 - 贾壮的博文相关推荐

最新文章

热门文章