介绍

samtools用来处理SAM/BAM文件，包括htslib,samtools,bcftools，pysam是python语言对samtools的封装，有着完整的说明文档。但是如果要用C/C++来操作SAM/BAM文件，一定要了解htslib库，我查了很多资料，关于htslib库的说明很少，基本都要靠看源代码，以下总结一些源代码的用法，能够快速学会并使用sam.h。

使用

1. 代码阅读

typedef struct
{mplp_aux_t *array;bam_mplp_t iter;int n;int *n_plp; //每个平台的reads numconst bam_pileup1_t **plp;  //每个平台在某个位点的所有readsfaidx_t *fai;} mpileup_group_t;

malp_aux_t

//每个bam文件
typedef struct
{/* data */samFile *fp;   //文件指针hts_itr_t *iter;   //每次返回一条比对结果hts_idx_t *idx;  //所以bam_hdr_t *h;  //头部信息
} mplp_aux_t;

typedef struct{//只列出一部分int tid;int curr_tid;
} hts_itr_t;

typedef struct {//只展示一部分int32_t n_targets; //

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htslib/sam.h库使用说明

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