准备
先确认有基本的编译环境，否则执行：
$ sudo apt-get install build-essential
注：此命令将会安装 glibc、glibc++等等相关的库及头文件。

环境说明
OS： Ubuntu 9.04 (jaunty)
kernel: linux-2.6.28-12-generic
gcc:   4.3.3
注：Ubuntu 9.04 默认使用的内核是 linux-2.6.28-11-generic，由于我安装过更新包，所以是 linux-2.6.28-12-generic

开始
1. 下载内核源代码，这里我下载的内核是 linux-2.6.29.3
$ wget http://www.kernel.org/pub/linux/kernel/v2.6/linux-2.6.29.3.tar.bz2
注：linux-2.6.29.3 发布于 2009-05-08，在写这篇文章时它是最新的内核，不过由于linux内核更新很频繁，每2~3周就会发布一个新版本，所以很快这个就会过时；如果你总是需要最新的版本，最好还是到 kernel.org 看看。

2. 解压
$ tar xjvf linux-2.6.29.3.tar.bz2

3. 配置内核
Ubuntu 的内核配置文件保存在 /boot 目录下，如 9.04 的配置文件是 /boot/config-2.6.28-11-generic，为了通用性，可以使用以下命令：
$ cd linux-2.6.29.3
$ sudo cp /boot/config-`uname -r`-generic ./.config
为了遵循 Ubuntu 对其内核的命名方式，需要修改 Makefile 的 EXTRAVERSION，打开Makefile，找到该行（一般就在前几行中）并修改为：
EXTRAVERSION = -3-generic
注：其中3是内核版本号2.6.29.3的最后一位，generic是 Ubuntu 的命名习惯。

4. 编译内核
$ make mrproper
注：清理内核代码树，基本上编译内核之前最好都要进行这一步。

$ make menuconfig

选择 'Load an Alternate Configuration File'

OK即可。
注：make menuconfig 是一个文本形式的图形界面配置环境，如果你喜欢更高级的图形界面配置环境，GNOME用户可以输入 make gconfig，KDE用户可以输入 make kconfig
附：（make gconfig）

这样就加载了默认的内核配置，然后可以在此基础上自己定制。
注：如果你对自己不那么有信心，建议你使用默认的配置；否则，根据自己计算机的硬件和自己的需求定制内核是最好的方式。

定制完后保存：

退出配置界面后回到命令行，执行：
$ make
$ sudo make modules_install

5. 生成initrd.img
$ sudo mkinitramfs -o /boot/initrd.img-2.6.29-3-generic

6. 安装内核
$ sudo cp arch/x86/boot/bzImage /boot/vmlinuz-2.6.29-3-generic

7. 其他
$ sudo cp System.map /boot/System.map-2.6.29-3-generic
$ sudo cp .config /boot/config-2.6.29-3-generic
$ cd /
$ sudo rm vmlinuz initrd.img
$ sudo ln -s boot/vmlinuz-2.6.29-3-generic vmlinuz
$ sudo ln -s boot/initrd.img-2.6.29-3-generic initrd.img

8. 修改 GRUB 菜单
用喜欢的文本编辑器打开 /grub/menu.lst，添加对应的菜单项（这个应该很简单，可以参考旧的菜单项）

9. 重启（使用新内核）
如果你决定不再使用旧的内核，可以考虑删除旧的内核模块（因为它们很占磁盘空间），这些模块位于 /lib/modules 下，如删除 2.6.28-12-generic 模块：
注：不建议进行这一步，毕竟新编译的内核没有与发行版相关的 linux-headers，如果你想做一些开发的话则不能够缺少这些头文件！（目前我还不知道怎么做，不过可以肯定的是绝对不是 make headers_install 这么简单）
$ sudo rm -rvf /lib/modules/2.6.28-12-generic

注：如果系统上安装了 VirtualBox，还要重新编译VirtualBox的内核模块，执行：
$ sudo /etc/init.d/vboxdrv setup

未解决问题
生成特定于发行版（Ubuntu）的内核头文件。

附：（系统监视器截图）