shell执行perl_【编程技巧（一）】在Perl、Shell和Python中传参与输出帮助文档

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下面是正文

Perl
1.1. Perl中getopt传参
1.2. Perl中输出帮助文档
1.3. 实现实例

Shell
2.1. Shell中的getopt传参
2.2. Shell中输出帮助文档
2.3. 实现实例

Python
3.1. Python中的getopt传参
3.2. Python中输出帮助文档
3.3. 实现实例

基于本人对多种编程语言的粗浅了解，不论是哪种编程语言它的参数传递方式主要分为下面两类：

直接传递(以Perl为例进行说明)

在调用脚本时，直接传递参数，如：./script.pl a b c

然后在脚本中用@ARGV变量获取这些参数

getopt方法

这种方法是大多数专业程序中都会用到的方法，使用的时候在参数名前加连接符，后面接上参数的实际赋值，例如：-a 1

不过getopt方法的参数解析方式略显复杂，下面会在具体的语言中进行逐一说明

直接传递的传参方式的优点是编写和使用起来很方便，但缺点很明显，参数的顺序是固定的，不能随意改变，每回使用时都需要确定各个参数分别是什么，而且一般采用这种传参方式的人是不会编写帮助文档的，所以一旦忘了只能查看源代码

getopt方法的优点是，传参方式灵活，而且采用这种传参方式的程序员一般都会在程序中添加帮助文档，因此这种传参方式对用户是非常友好的，但是对于程序员来说，则意味着他或她不得不多写好几行代码——所以一个好的程序员头顶凉凉是可以理解的~

以下我们只介绍第二种传参方法

1. Perl

1.1. Perl中getopt传参

Perl中的这个功能需要通过调用Getopt::Long模块实现

use Getopt::Long;

然后使用GetOptions函数承接传递的参数：

my ($var1,$var2,$var3,$var4); # 若使用"use strict"模式，则需要提前定义变量GetOptions(    "i:s"=>\$var1,    "o:s"=>\$var2,    "n:i"=>\$var3,    "m:i"=>\$var4    );

这样，你就可以通过以下的方式进行灵活的Perl脚本参数传递了：

$ perl perlscript.pl -i var1 -o var2 ...

1.2. Perl中输出帮助文档

可以使用POD文档实现在Perl中输出帮助文档，想了解更多关于POD文档的知识，请点这里

=head1 part1

    doc in part1

=head2 part2

    doc in part2

...

=cut    # pod文档结束的标志

注意：每个=标签上下必须隔一行，否则就会错误解析。

用pod2doc $0可以将程序中的文档打印出来，不过一般用在程序内部，当程序参数设定错误时打印pod文档：

die `pod2doc $0` if (...);

1.3. 实现实例

#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Getopt::Long;use POSIX;

# 帮助文档=head1 Description

    This script is used to split fasta file, which is too large with thosands of sequence

=head1 Usage

    $0 -i  -o  [-n ] [-m ]=head1 Parameters    -i  [str]   Input raw fasta file    -o  [str]   Output file to which directory    -n  [int]   Sequence number per file, alternate chose paramerter "-n" or "-m", if set "-n" and "-m" at the same time, only take "-n" parameter    -m  [int]   Output file number (default:100)=cutmy ($input,$output_dir,$seq_num,$file_num);GetOptions("i:s"=>\$input,"o:s"=>\$output_dir,"n:i"=>\$seq_num,"m:i"=>\$file_num    );die `pod2text $0` if ((!$input) or (!$output_dir));...

2. Shell

2.1. Shell中的getopt传参

Shell中的这个功能可以通过getopts函数实现

getopts [option[:]] [DESCPRITION] VARIABLE

option：表示为某个脚本可以使用的选项

":"：如果某个选项(option)后面出现了冒号(":")，则表示这个选项后面可以接参数(即一段描述信息DESCPRITION)

VARIABLE：表示将某个选项保存在变量VARIABLE中

while getopts ":a:b:c:" optdo    case $opt in        a)        echo "参数a的值$OPTARG"        ;;        b)        echo "参数b的值$OPTARG"        ;;        c)        echo "参数c的值$OPTARG"        ;;        ?)        echo "未知参数"        exit 1;;    esacdone

2.2. Shell中输出帮助文档

在Shell中编辑一个helpdoc( )的函数即可实现输出帮助文档

helpdoc(){    cat <Description:

    .    .    .

Usage:

    $0 -a  -b  -c  ...Option:    .    .    .EOF}

将你想要打印出来的帮助信息写在cat <和EOF之间

之所以使用EOF来编写是因为，这是一种所见即所得的文本编辑形式(这个不好解释，请自行百度)

当你要打印帮助文档时，直接调用执行helpdoc( )函数即可

# 当没有指定参数时，即参数个数为0时，输出帮助文档并退出程序执行if [ $# = 0 ]then    helpdoc()    exit 1fi

2.3. 实现实例

helpdoc(){    cat <Description:

    This shellscript is used to run the pipeline to call snp using GATK4    - Data merge: merge multi-BAM files coresponding to specified strain    - Data pre-processing: Mark Duplicates + Base (Quality Score) Recalibration    - Call variants per-sample    - Filter Variants: hard-filtering

Usage:

    $0 -S  -R  -k  -i Option:    -S    strain name, if exist character "/", place "/" with "_" (Required)    -R    the path of bwa index (Required)    -k    known-sites variants VCF file    -i    intervals list file,must be sorted (Required)EOF}workdir="/work_dir"# 若无指定任何参数则输出帮助文档if [ $# = 0 ]then    helpdocexit 1fiwhile getopts "hS:k:R:i:" optdocase $opt in        h)            helpdocexit 0            ;;        S)            strain=$OPTARG# 检测输入的strain名是否合格：是否含有非法字符"/"if [[ $strain =~ "/" ]]thenecho "Error in specifing strain name, if exist character \"/\", place \"/\" with \"_\""                helpdocexit 1fiif [ ! -d $workdir/SAM/$strain ]thenecho "There is no such folder coresponding to $strain"                helpdocexit 1fi            ;;        R)            index=$OPTARG            ;;        k)            vcf=$OPTARGif [ ! -f $vcf ]thenecho "No such file: $vcf"                helpdocexit 1fi            ;;            i)            intervals=$OPTARGif [ ! -f $bed ]thenecho "No such file: $intervals"                helpdocexit 1fi            ;;        ?)echo "Unknown option: $opt"            helpdocexit 1            ;;esacdone...

3. Python

3.1. Python中的getopt传参

Python中的这种功能需要通过getopt模块实现

import getopt

Python脚本获得成对的参数名和参数值后，会分别把它们保存在一个字典变量中，参数名为key，参数值为value

opts,args = getopt.getopt(argv,"hi:o:t:n:",["ifile=","ofile=","time="])

getopt函数的使用说明：

argv：使用argv过滤掉第一个参数(它是执行脚本的名字，不应算作参数的一部分)

"hi:o:t:n:"：使用短格式分析串，当一个选项只是表示开关状态时，即后面不带附加参数时，在分析串中写入选项字符。当选项后面是带一个附加参数时，在分析串中写入选项字符同时后面加一个":" 号

["ifile=","ofile=","time="]：使用长格式分析串列表，长格式串也可以有开关状态，即后面不跟"=" 号。如果跟一个等号则表示后面还应有一个参数

然后通过条件判断的方法对参数进行解析：

for opt,arg in opts:    if opt in ("-h","--help"):        print(helpdoc)        sys.exit()    elif opt in ("-i","--ifile"):        infile = arg    elif opt in ("-t","--time"):        sleep_time = int(arg)    .    .    .

3.2. Python中输出帮助文档

在Python中创建一个字符串变量helpdoc即可实现输出帮助文档

helpdoc = '''Description    ...Usage    python pyscript.py -i/--ifile  -o/--ofile  -t/--time  ...Parameters    -h/--help        Print helpdoc    -i/--ifile        Input file, including only one column with sampleId    -o/--ofile        Output file, including two columns, the 1st column is sampleId, the 2nd column is attribute information    -t/--time        Time for interval (seconds, default 5s)    ...'''

在需要时将这个变量打印出来即可：

try:    opts,args = getopt.getopt(argv,"hi:o:t:n:",["ifile=","ofile=","time="])    if len(opts) == 0:        print("Options Error!\n\n"+helpdoc)        sys.exit(2)except getopt.GetoptError:    print("Options Error!\n\n"+helpdoc)    sys.exit(2)

3.3. 实现实例

import getopt

...

if __name__ == '__main__':    ...    helpdoc = '''Description    This script is used to grab SRA sample attributes information based on SampleIdUsage    python webspider_ncbiBiosample.py -i/--ifile  -o/--ofile  -t/--time  -n/--requests-number Parameters    -h/--help        Print helpdoc    -i/--ifile        Input file, including only one column with sampleId    -o/--ofile        Output file, including two columns, the 1st column is sampleId, the 2nd column is attribute information    -t/--time        Time for interval (seconds, default 5s)    -n/--requests-number        Setting the requests number between interval (default 10)'''

    # 获取命令行参数    try:        opts,args = getopt.getopt(argv,"hi:o:t:n:",["ifile=","ofile=","time="])        if len(opts) == 0:            print("Options Error!\n\n"+helpdoc)            sys.exit(2)    except getopt.GetoptError:        print("Options Error!\n\n"+helpdoc)        sys.exit(2)

    # 设置参数    for opt,arg in opts:        if opt in ("-h","--help"):            print(helpdoc)            sys.exit()        elif opt in ("-i","--ifile"):            infile = arg        elif opt in ("-o","--ofile"):            outfile = arg            # 若指定的输出文件已经存在，让用户决定覆盖该文件，还是直接退出程序            if os.path.exists(outfile):                keyin = input("The output file you specified exists, rewrite it?([y]/n: ")                if keyin in ("y","Y",""):                    os.remove(outfile)                elif keyin in ("n","N"):                    print("The output file existed!\n")                    sys.exit(2)                else:                    print("Input error!\n")                    sys.exit(2)        elif opt in ("-t","--time"):            sleep_time = int(arg)        elif opt in ("-n","--requests-number"):            requestNum = int(arg)

    .    .    .

参考资料：

(1) 小明github笔记：Perl进阶笔记

https://github.com/Ming-Lian/Bioinformatics-skills/blob/master/Perl%E8%BF%9B%E9%98%B6%E7%AC%94%E8%AE%B0.md

(2) 小明github笔记：实用小脚本

https://github.com/Ming-Lian/Bioinformatics-skills/blob/master/%E5%AE%9E%E7%94%A8%E5%B0%8F%E8%84%9A%E6%9C%AC.md

(3) 小明github笔记：Linux (Raspbian) 操作进阶——Shell编程

https://github.com/Ming-Lian/Hello-RaspberryPi/blob/master/Linux%E6%93%8D%E4%BD%9C%E8%BF%9B%E9%98%B6.md#shell-programing

(4) Python 命令行参数和getopt模块详解

https://www.cnblogs.com/kex1n/p/5975722.html

【小明的碎碎念】系列往期精彩文章：

(1)三代测序入门：技术原理与技术特点

(2)三代测序入门：PacBio数据分析