linux，mysql和R的版本信息：

Linux naci 3.19.0-16-generic #16-Ubuntu SMP

Server version: 5.6.24-0ubuntu2 (Ubuntu)

R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet"

mysql的linux安装，参照上一篇关于liunx下安装mysql的文章。

1. 安装RMySQL包

在装RMySQL包之前，确定电脑上装了libmysqlclient-dev，否则在安装时会出现错误。

~$ sudo apt-get install libmysqlclient-dev #安装客户端的开发支持

~$ R

> install.packages("RMySQL","/home/beili/R/packages") #安装RMySQL包

> .libPaths(RMySQL)

2.RMySQL支持的相关函数

辅助函数

2.1 dbConnect，dbDisconnect #数据库连接函数

2.2 dbListFields ,dbListTables,dbGetInfo,dbListResults,summary,dbGetException,dbExistsTable #查看数据库或者参数信息

查询函数

2.3 dbGetQuery #查询函数

2.4 dbReadTable #读取表的数据

更新函数

2.5 dbWriteTable #创建数据库表或者将数据写入对应的表

2.6 dbRemoveTable # 删除数据库中的表

dbSendQuery函数

2.7 dbSendQuery ,dbClearResult #将query交给数据库引擎

2.8 dbColumnInfo，dbGetRowsAffected，dbGetRowCount，dbHasCompleted #查看数据库引擎执行结果

2.9 dbFetch，fetch #将dbSendQuery函数的结果抽取出来

2.10 dbNextResult，dbMoreResults #一条一条读取结果

事务函数

2.11 dbCommit，dbBegin，dbRollback

2.1 dbConnect和dbDisconnect函数

函数调用格式如下：

dbConnect(drv, dbname,username,password ,host,port，client.flag=CLIENT_MULTI_STATEMENTS..)

dbDisconnect(conn, ...)

注：client.flag=CLIENT_MULTI_STATEMENTS表示客户端允许执行多个statement。

由于和传统的设置参数差不多，所以下面直接看例子：

> conn=dbConnect(MySQL(),dbname="test",username="root",password="mdcl") #建立连接

> summary(conn,verbose=T) #查看连接信息

<0> User: root0>

Host: localhost

Dbname: test

Connection type: Localhost via UNIX socket

MySQL server version: 5.6.24-0ubuntu2

MySQL client version: 5.6.24

MySQL protocol version: 10

MySQL server thread id: 4

Results:

> dbDisconnect(conn) #关闭连接

注：本地连接不用设置host和port，另外summary属于RMySQL的函数，是S4类，用户mysql驱动的信息

2.2 dbListFields ,dbListTables,dbGetInfo,dbListResults,summary,dbGetException查看数据库或者参数信息

函数调用格式如下：

dbListFields(conn, name, ...) #查看表的字段信息

dbListTables(conn, ...) #查看数据库下表

dbGetInfo(dbObj, what = "", ...) #获取mysql数据变量的信息,what指定得到list中的哪个值

dbListResults(conn, ...) #列出conn的查询结果

summary(object, verbose = FALSE, ...)#查看某个变量的相信信息

dbGetException(conn, ...) #查看conn的异常信息

dbExistsTable(conn, name, ...)

例如：

> dbListFields(conn,"people")

[1] "name" "sex" "age"

> dbListTables(conn)

[1] "people"

> dbGetInfo(conn)

$host

[1] "localhost"

$user

[1] "root"

$dbname

[1] "test"

...

> dbListResults(conn)

list()

> dbGetException(conn)

$errorNum

[1] 0

$errorMsg

[1] ""

> dbExistsTable(conn, "people")

[1] TRUE

2.3 dbGetQuery 数据库查询

dbGetQuery实际要执行一连串的动作，在内部实际上会执行dbSendQuery函数，然后当dbHasCompleted为TRUE之后，又自动fetch出返回的结果，最后由on.exit保证执行dbClearResult。该函数支持各种各样的query，当执行select操作时，返回data.frame类型的结果；当执行insert/update操作时，返回NULL。

函数调用格式：

dbGetQuery(conn, statement, ...)

例子：

> res=dbGetQuery(conn,"select * from people")

> class(res)

[1] "data.frame"

> res

name sex age

1 bao M 12

2 qiao M 12

> dbGetQuery(conn,"show tables")

Tables_in_test

1         people

2            stu

3        student

> dbGetQuery(conn,"drop table student")

NULL

> dbGetQuery(conn,"show tables")

Tables_in_test

1         people

2            stu

2.4 dbReadTable 读取整个表的数据

调用格式：

dbReadTable(conn, name, row.names,check.names = TRUE, ...)

其中 row.names=k,表示第k列作为每一行的名字。

例子：

> dbReadTable(conn,"stu",row.names=1)

stuid name age

1 1 qiao 51

2 2 bao 27

3 3 qiao 1

4 4 bao 26

2.5 dbWriteTable 将数据写入数据库

调用格式：

dbWriteTable(conn, name, value, row.names=T,overwrite,append，...)

其中row.names表示是否将row.names写入数据库的，作为单独的一列；overwrite=T表示会覆盖掉原先的数据；append=T表示在原先的数据后面进行插入。

例子：

> dbGetQuery(conn,"truncate table stu")

NULL

> dbReadTable(conn,"stu",row.names=1)

[1] stuid name age<0行>(或0-长度的row.names)

> dbWriteTable(conn,"stu",student,append=T)

[1] TRUE

> dbReadTable(conn,"stu",row.names=1)

stuid name age

1 1 qiao 51

2 2 bao 27

3 3 qiao 1

4 4 bao 26

2.6 dbRemoveTable  删除表实际上执行了“Drop table name”的命令，在2.3中给出了drop的例子。

调用格式：

dbRemoveTable(conn,name)

例子：

> dbListTables(conn)

[1] "people" "stu"

> dbRemoveTable(conn,"people")

[1] TRUE

> dbListTables(conn)

[1] "stu"

2.7 dbSendQuery ,dbClearResult

dbSendQuery函数提交查询，并在服务器那端同步执行，但是并不抽取其中的结果，因此需要配合dbFetch来使用，最后抽取完毕之后，使用dbClearResult来清洗返回的结果。既然有了dbReadTable函数了，为什么还要有dbSendQuery呢？如果需要返回的数据很大的情况下，而R又装不下，如果使用dbReadTable那么铁定不行了。dbSendQuery函数来说，DBMS执行了query语句，可能生成了大量的数据，不同的数据库驱动可能有不同的处理方式，有的存储在服务器端，一点一点发给R；有的传给客户端，但是不会一下子传给R。

dbClearResult函数释放占用的资源。

调用格式：

dbSendQuery(conn, statement)

dbClearResult(res, ...)

如果dbConnect中client.flag没有设置下，只能执行一条statement，而且不dbClearResult执行的res是不能再执行dbSendQuery函数的，也就是说正确的执行方式如下：

rs1=dbSendQuery(conn, statement)

...

dbClearResult(rs1, ...)

rs2=dbSendQuery(conn, statement)

...

dbClearResult(rs2, ...)

而下面的调用格式是错的：

rs1=dbSendQuery(conn, statement)

rs2=dbSendQuery(conn, statement)

...

dbClearResult(rs1, ...)

dbClearResult(rs2, ...)

例子：

> res=dbSendQuery(conn,"select * from stu")

> dbGetInfo(res)

$statement

[1] "select * from stu"

$isSelect

[1] 1

$rowsAffected

[1] -1

$rowCount

[1] 0

$completed

[1] 0

$fieldDescription

$fieldDescription[[1]]

NULL

> res2=dbSendQuery(conn,"select * from stu")

错误于.local(conn, statement, ...) :

connection with pending rows, close resultSet before continuing

> dbClearResult(res)

[1] TRUE

> res2=dbSendQuery(conn,"select * from stu")

2.8 dbColumnInfo，dbGetRowsAffected，dbGetRowCount，dbHasCompleted

这一系列的函数，其实是dbSendQuery的辅助函数，得到的信息，使用dbGetInfo(res)都能得到。

重点说一下dbHasCompleted函数,函数含义是服务器端的数据是否被抽取完毕：

调用格式：

dbHasCompleted(res,...)

注：只有查询的数据全部被R抽取完，该函数才能返回TRUE值，具体使用见2.9中的例子。

2.9 dbFetch，fetch

fetch是比较老的一个版本，dbFetch和fetch功能相同，不过比较鼓励使用dbFetch。

调用格式：

dbFetch(res,n,...)

ftch(res,n,)

注：n表示读取的行数，当n=-1时，表示全部抽取。

例子：

> dbWriteTable(conn, "mtcars", mtcars)

[1] TRUE

> res

> dbFetch(res)

row_names mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb

1 Datsun 710 22.8 4 108.0 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1

2 Merc 240D 24.4 4 146.7 62 3.69 3.190 20.00 1 0 4 2

3 Merc 230 22.8 4 140.8 95 3.92 3.150 22.90 1 0 4 2

4 Fiat 128 32.4 4 78.7 66 4.08 2.200 19.47 1 1 4 1

5 Honda Civic 30.4 4 75.7 52 4.93 1.615 18.52 1 1 4 2

6 Toyota Corolla 33.9 4 71.1 65 4.22 1.835 19.90 1 1 4 1

7 Toyota Corona 21.5 4 120.1 97 3.70 2.465 20.01 1 0 3 1

8 Fiat X1-9 27.3 4 79.0 66 4.08 1.935 18.90 1 1 4 1

9 Porsche 914-2 26.0 4 120.3 91 4.43 2.140 16.70 0 1 5 2

10 Lotus Europa 30.4 4 95.1 113 3.77 1.513 16.90 1 1 5 2

11 Volvo 142E 21.4 4 121.0 109 4.11 2.780 18.60 1 1 4 2

> dbClearResult(res)

[1] TRUE

>res

> while (!dbHasCompleted(res)) {

+ chunk

+ print(nrow(chunk))

+ }

[1] 10

[1] 10

[1] 10

[1] 2

> dbClearResult(res)

[1] TRUE

2.10 dbNextResult，dbMoreResults

dbMoreResults是针对多个query statement来说的，如果还有额外的结果集需要处理，则返回TRUE，否则返回FALSE

dbNextResult 接着处理下一个statement的结果集。

调用格式：

dbNextResult(con, ...)

dbMoreResult(con,...)

例子：

> con=dbConnect(MySQL(),dbname="test",username="root",password="mdcl",client.flag=CLIENT_MULTI_STATEMENTS)

> dbListTables(con)

[1] "mtcars" "stu"

> sql

> rs1

> dbFetch(rs1, n = -1)

cyl

1   6

2   6

3   4

4   6

5   8

>  if (dbMoreResults(con)) {

+         rs2

+         dbFetch(rs2, n = -1)

+      }

vs

1  0

2  0

3  1

4  1

5  0

> dbClearResult(rs1)

[1] TRUE

>  dbClearResult(rs2)

[1] TRUE

2.11 dbCommit ，dbBegin，dbRollback

三个事务函数，和数据库中的概念是一致的。

调用方式：

dbBegin(conn, ...)

dbCommit(conn, ...)

dbRollback(conn, ...)