pfamscan 的使用

结果

1.比对结果总表

表头说明：

Seq id : 蛋白/基因的编号

Alignment start : 基因/蛋白序列比对的结构域起始位置

Alignment end : 基因/蛋白序列比对的结构域终止位置

Envelope start : HMM 模型预测的基因/蛋白序列的结构域起始位置

Envelope end : HMM 模型预测的基因/蛋白序列的结构域终止位置

Hmm acc: 基因/蛋白序列对应结构的模型在Pfam中的编号

Hmm name : 基因/蛋白序列对应结构的模型在Pfam中的名称

Type : 基因/蛋白序列匹配到 Pfam 数据库中对应结构的分类水平，蛋白家族或者结构域

Hmm start : 比对上的部分在数据库匹配序列上的起始位置

Hmm end : 比对上的部分在数据库匹配序列上的终止位置

Hmm length：比对上的长度

Bit score：根据比对和 HMM 模型得出的基因/蛋白序列结构的评分，打分越高，可信度越高

E_value ：比对的 E值(E值越小，可信度越高)

Significance : 基因/蛋白序列在数据库中匹配结构的数目

Clan : Pfam 数据库中按照蛋白质序列，结构以及 HMM 文件而分成的类群

PfamA definition : 查询序列对应结构在 PfamA 中的名称

2.比对结果统计饼图

将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。

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