GEO数据库的使用（一）

1、GEO数据库介绍
GEO全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。创建于2000年，收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。
GEO上有四类数据GSM, GSE, GDS, GPL
1.GSM是单个样本的实验数据
2.GDS是人工整理好的关于某个话题的GSM的集合，一个GDS中的GSM的平台是一样的
3.GSE是一个实验项目中的多个芯片实验，可能使用多个平台
4.GPL是芯片的平台，如Affymetrix， Aglent等

网址入口：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

2、GEO数据下载
例如：我想找胃癌相关的疾病资料、研究文献，那么可以直接搜索gastric carcinoma

若只想关注人相关的研究，在右方选择——如图：

GEO2R是自带在线分析工具：

定义分组：下拉分别创建两个分组：T（肿瘤组）、C（对照组）

对样本进行分组：选择后点击T或C即可

这里我们只保存了前250个基因

前250个基因如下，点击保存

将以上结果粘贴保存在TXT中，然后用EXCEL打开，如下
这样我们就可以根据自己需求对其进行分析处理

此外，这里还提供了芯片质量控制的线箱图如下所示

还提供了R代码，这些代码修改后还可以供以后分析时使用

GEO数据库的使用（一）相关推荐

GEO数据挖掘（2）-GEO数据库
GEO数据库 GEO全称:Gene Expression Omnibus GEO数据库起先只是为表达芯片数据准备的,后期纳入了各种NGS组学数据,文章里面会给出数据地址,GSE ID号,由此我们就可以 ...
python 翻译库本地库_利用python爬取并翻译GEO数据库
原标题:利用python爬取并翻译GEO数据库 GEO数据库是NCBI创建并维护的基因表达数据库,始于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,现芯片集数据量高达12万以上.想要从这 ...
GEO数据库学习一(简介数据下载芯片知识)
目录 1.GEO数据库简介 2.从GEO数据库下载数据 2.1使用GEOquery包从GEO数据库下载数据 2.2了解下载函数返回的对象 2.3ExpressionSet对象简单讲解 3.芯片基础知识 ...
GEO数据库学习二(ID转换)
上一节记录了如何下载数据,这一节学习id转换,主要是探针对应到symbol,其中表达矩阵的行是探针id,列是样品id,ids的列是探针id和symbol,我们的目的是利用探针id,将二者对应起来. 1 ...
用GEOquery从GEO数据库下载数据
用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来 ...
geo数据差异分析_GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析
GEO数据库中的数据是公开的,很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见的分析策略之一,为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据,官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差 ...
geodatabase怎么连接MySQL_实用帖-手把手教你如何上传GEO数据库
点击进去如下图: 可以看见我们上传数据需要准备三个文件,分别为:Metadata spreadsheet.Processed data files.Raw data files.下面分别介绍每个文件如 ...
公共数据库挖掘第一步-GEO数据库下载表达谱数据和生存数据
欢迎关注"生信修炼手册"! 在NAD+代谢相关基因的文章中,针对来自GEO数据库的ALS患者的表达谱数据进行了挖掘,本文就以这两批GEO数据为例,来详细展示原始数据的下载过程公共 ...
R语言 | GEO数据库下载GSE基因芯片以及表达矩阵和临床信息的提取
目录 1.载入R包 2.利用AnnoProbe下载GEO数据库中的数据 3.提取表达矩阵和临床信息 4.输出文件 1.获得GEO数据库中的数据下面以GSE14520数据系为例: 获得GEO数据库中的 ...

GEO数据库的使用（一）

GEO数据库的使用（一）相关推荐

最新文章

热门文章