python提取文件指定列_python 提取文件指定列的方法示例
之前用featureCount 处理得到结果,要提出第一列gene_id 和 readcount 列,首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行,没有用,用bash批量删掉。
for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done
删除当前文件夹下所有文件第一行。
其实提出两列很简单,不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sys.argv这玩意,学到了。
我设置了 -i 输入,-o 输出 这两个参数来判断输入输出文件个数,不过对于错误命令行输入的判断还很欠缺,毕竟只有自己用。
上代码:
import sys
leng=len(sys.argv)
for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex
if sys.argv[i]=="-i":
it=i
if sys.argv[i]=="-o":
out=i
for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)
print(sys.argv[i])
file=open(sys.argv[i],'r')
f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
count=[] for lines in file.readlines():
two=[] lines=lines.rstrip('n')
b=lines.split('t')
two.append(b[0])
if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem
b[6]="count"
two.append(b[6])
s='t'.join(two)
f.write(s+'n')
f.close
其实python里面 str 和list 弄的还是昏头昏脑的,每次都要错了再改。
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